1. Выбор белка
При выборе белка для изучения я использовала функцию “Advanced” в поисковой строке UniProtKB: параметр поиска – Organism [OS], в строке – Providencia rettgeri [587]. Конкретный белок я выбирала по оценке аннотации – поставила фильтр по этому параметру. После отбора осталось 7 структур с оценкой 5/5, из которых я выбрала Сирогемсинтазу по наибольшему количеству публикаций (ID: A0A3R8W1N3_PRORE).
2. Информация о белке
Cирогемсинтаза – многофункциональный фермент, участвующий в метаболизме порфиринсодержащих соединений, биосинтезе сирогема, биосинтезе аденозилкобаламина, получение сирогема из сирогидрохлорина.
3. Кластеры похожих белков
В кластерах UniRef90 (61 белок) и UniRef50 (7210 белков) находится внушительное количество последовательностей, что говорит о достаточно высокой распространённости выбранной мной структуры.
4. Поисковые запросы
Сначала я решила проверить, есть ли ген cobA, кодирующий мой белок, у эукариотических организмов. Для этого в строке поиска я набрала название гена cobA и запросила, чтобы по таксону организм был эукариотом. Получилось 26 результатов. Интересно, что отобравшиеся организмы в большинстве своём были либо водорослями, либо грибами.
Затем захотелось проверить может ли Сирогемсинтаза кодироваться другими генами (не соbA). Чтобы это узнать, я сделала поиск по названию белка и исключила ген, использующийся у моей бактерии. После поиска вышло 4583 структуры. Результаты говорят нам о том, что исследуемый белок может транскрибироваться и с других генов.
Ещё было интересно проверить сколько у Providencia rettgeri используется синтаз. Для этого настроила параметры поиска: нужный мне организм и тип каталитической активности структуры. Получилось 7 результатов, почти все из разных генов.