В ходе данного практикума были проанализированы карты локального сходства для двух последовательностей, построенные при помощи Megablast и BLASTN.
Для начала я выбрала 2 родственные бактерии Mycobacterium ulcerans (NZ_AP017624.1 - индентификатор хромосомы из RefSeq) и Mycobacteroides abscessus (NC_010397.1). В качестве запроса в NCBI использовала видовые названия бактерий и выбирала референсный геном, затем брала идентификаторы хромосом для работы blast.
Результаты
Выход программ blastn (word size - 11) и megablast (word size - 28)
Megablast и blastn выстроились очень схожим образом, однако на dotplot BlastN больше мусора, так как параметр "word size" у этой программы меньше. Если сравнивать геномы бактерий, можно заметить многочисленные транслокации, причем некоторые кусочки еще и инвертировались. Разрывы линий связаны с наличием мутаций в геноме (делеций).