Практикум 2

Задание 1

Модели структур A-, B- и Z-формы ДНК, построенные при помощи инструментов пакета 3DNA:

А-форма

В-форма

Z-форма

Задание 2

Для анализа структуры была взята B-форма ДНК и цитозин (C9).

Cytosine
Рис. 1 Расположение атомов цитозина C9 (красные - к большой бороздке, синие - к малой)
Табл. 1 Параметры структуры A‑, B‑ и Z‑формы ДНК
A‑форма B‑форма Z‑форма
Тип спирали правая правая левая
Шаг спирали (Å) 28.0 33.8 43.5
Число оснований на виток 11 10 12
Ширина большой бороздки 17.0 (A:G13-B:T31) 17.9 (A:A6-B:T31) 18.3 (A:C6-B:C32)
Ширина малой бороздки 8.0 (A:T3-B:C32) 11.7 (A:T15-B:A30) 7.2 (A:G11-B:G33)

Задание 3

Для выполнения задания была взята структура тРНК 1ffy и использованы программы пакета 3DNA (find_pair и analyze).

Из файла 1ffy.out была извлечена полная информация о водородных связях, присутствующих в структуре тРНК, ее можно посмотреть здесь.


Пары нуклеотидов, образующие стебли:

  1. 1-7 и 72-66
  2. 10-13 и 25-22
  3. 38-44 и 32-26
  4. 49-53 и 65-61

Неканонические пары:

  • U5-G68
  • G49-U65
  • U55-G18
  • U36-U33
  • A38-C32
  • A44-G26
  • G16-U17

Дополнительные водородные связи:

  • U54-A58
  • U55-G18
  • A14-U8
  • G15-C48
  • G16-U17
  • G19-C56
  • (Нуклеотиды не входят в состав стеблей)