Практикум 7

Задание 1. Выбор качественной сборки генома эукариотического организма

В качестве эукариотического организма для анализа сборки генома я выбрала Chelonia mydas (зелёная морская черепаха) - вид крупных морских черепах, также известный как суповая черепаха и чёрная (морская) черепаха.

Общее название относится к обычному зелёному жиру, который находится под их панцирем, из-за того, что они питаютя исключительно водорослями, а не к цвету их панциря, который варьируется от оливкового до чёрного.

В диплоидном наборе у черепах 56 хромосом.

В поисковую строку я просто вводила название вида на латыни. Были найдены три сборки, одна из которых была на хромосомном уровне (т.е. геном собран до уровня целых хромосом).

Задание 2. Таблица некоторых характеристик выбранной сборки

1. Множество всех контигов в порядке убывания будем рассматривать начиная с первого контига. Выбираем минимальный по числу элементов список, суммарная длина которого составляет 50% всего генома или более
2. L50 - число контигов в этом списке
3. N50 - длина самого короткого контига

В сборке есть все аутосомы и половые хромосомы, она включает в себя геном митохондрий, геном отмечается как референсный, а также показатели N50 и L50 достаточно большие, из чего можно сделать вывод, что данная сборка достаточно надёжна и отражает достоверную биологическую информацию о геноме выбранного организма.

Задание 3. Файлы с информацией о сборке

Ниже представлены основные три файла (скачаны из базы данных RefSeq), содержащие главную информацию о геноме выбранного органзима:

• genomic.fna - файл, содержащий нуклеотидные последовательности всех хромосом данного организма в формате FASTA.
• protein.faa – файл, содержащий аминокислотные последовательности всех известных белков данного организма в формате FASTA.
• genomic.gbff – файл, содержащий аннотацию всего генома: содержат общую информацию (уникальный идентификатор, таксономию организма, краткое описание хромосом, тип и длину нуклеиновой кислоты и т.п.), аннотацию участков ДНК (гены белков, тРНК, рРНК, их координаты, расположение, некоторые особенности), последовательности хромосом.