Практикум 2

В данном практикуме было выполнено выравнивание последовательностей цитохромов B и реконструировано филогенетичсекое дерево тремя способами:

  1. Программой fastme с оценкой эволюционных расстояний как p-distance
  2. Программой fastme, оценивая эволюционные расстояния с помощью модели MtREV
  3. Программой iqtree со всеми параметрами по умолчанию

Выравнивание выполнялось при помощи программы muscle на kodomo.

*Последовательность цитохрома B у организма Cervus nippon nippon (CERNN) была некорректно подобрана для предыдущего задания, поэтому в данном практикуме использоваться не будет.

Реконструкция деревьев

Tree
Рис. 1 Филогенетическое дерево, построенное с помощью NCBI Taxonomy
Tree
Рис. 2 Филогенетическое дерево, построенное программой fastme с моделью p-distance
Tree
Рис. 3 Филогенетическое дерево, построенное программой fastme с моделью MtREV
Tree
Рис. 4 Филогенетическое дерево, построенное программой iqtree

Сравнение деревьев

После реконструкции все деревья оказались одинаковыми за исключением работы программы fastme с моделью p-distance, на визуализации которой Giraffa camelopardalis (GIRCA) оказался ближе к Ovis aries (SHEEP), чем Pelea capreolus (PELCP).