Практикум 3

Задание 1. Реконструкция дерева по нуклеотидным последовательностям

С помощью программы seqret из EMBL были получены последовательности 12s рРНК для животных, выбранных мной в прошлых практикумах.

Далее они были выровнены с помощью программы MUSCLE, а файл с выравниванием был переведен в формат phylip-relaxed. Дерево было реконструировано с помощью программы IQ-Tree.

Tree
Рис. 1 Визуализация дерева, реконструированного по последовательности 12s рРНК, при помощи сервиса iTOL

Сравним данное дерево с полученными в предыдущем практикуме:

Tree
Рис. 2 Филогенетическое дерево, построенное с помощью NCBI Taxonomy
Tree
Рис. 3 Филогенетическое дерево, построенное программой fastme с моделью p-distance

Интересно заметить, что в дереве, реконструированном по последовательности 12s рРНК, кит и кашалот (BALMU и PHYMC) образуют вместе отдельную ветку, хотя в дереве NCBI Taxonomy они отходят поочерёдно.

Также в полученном дереве вместе отделились сернобык и жираф (PELCP и GIRCA), стоит заметить, что в дереве, построенном по последовательности cytB с помощью fastme, жираф был отделён в ветку вместе с овцой (SHEEP), таким образом, полученные деревья демонстрируют все возможные варианты перегруппировок.

Задание 2. Укоренение во внешнюю группу

Tree
Рис. 4 Визуализация дерева, укоренённого во внешнюю группу по последовательности 12s рРНК, при помощи сервиса iTOL

Учитывая тот факт, что дерево строилось по последовательностям 12s рРНК, то укоренилось оно очень хорошо.

Задание 3. Бутстреп

Tree
Рис. 5 Визуализация дерева, реконструированного по последовательности 12s рРНК с помощью fastme и 100 реплик бутстрепа

С помощью fastme была повторена реконструкция дерева по последовательности 12s рРНК с использованием 100 реплик бутстрепа. Заметим, что числа поддержки наименьшие как раз у группы, которая реконструируется с трудом (SHEEP, PELCP, GIRCA).