Глобальное и локальное выравнивание аминокислотных последовательностей
Программы, с которыми мы работали:
needle
water
matcher
______________________________________________________________________________________________________________ Часть 1: Матрица переходов
Последовательности, для которых делались матрицы переходов:
AEEY и IEEY для глобального выравнивания
KAQSPAGF и KAAGF для локального выравнивания
Параметры для построения матрицы переходов: вес совпадения = 2, вес замены = -1, штраф за делецию = -2

1)матрица локального выравнивания

2)матрица глобального выравнивания

Выравнивание, соответствующее субоптимальному пути для матрицы локального выравнивания:
KA
KA
Выравнивание, соответствующее оптимальному пути для матрицы локального выравнивания:
AGF
AGF
Выравнивание, соответствующее оптимальному пути для матрицы глобального выравнивания:
AEEYI
-EEY-
___________________________________________________________________________________________________________________________
Часть 2: Поиск участков локальной гомологии
Последовательности, для которых мы строили локальное выравнивание:
seq3 SPAGFAEEYIIWHRMQKNLP
FadR_Ecol: VIKAQSPAGF AEEYIIESIW NNRFPPGTIL PAERELSELI GVTRTTLREV LQRLARDGWL TIQHGKPTKV NNFWETSGLN ILETLARLDH ESVPQLIDNL LSVRTNISTI FIRTAFRQHP DKAQEVLATA NEVADHADAF AELDYNIFRG LAFASGNPIY GLILNGMKGL YTRIGRHYFA NPEARSLALG FYHKLSALCS EGAHDQVYET VRRYGHESGE IWHRMQKNLP GDLAIQGR
координаты локального выравнивания:1) 6-17 (для моей последовательности) и 1-11 (для искуственной)
2) 221-230 (для моей последовательности) и 10-20 (для искуственной)
__________________________________________________________________________________
Часть 3 Влияние параметров на глобвльное выравнивание
наиболее отличающиеся выравнивания 1 выравнивание 2 выравнивание
Bо втором случае делеций бльше, так как штрафы за их открытие меньше. И т.к матрица выравнивания -
BLOSUM80, основной задачей является нахождения наибольшего числа идентичных остатков.