Функции белка FadR
ж у р н а л
М О Л Е К У Л Я Р Н А Я
Б И О Л О Г И Я
2001 год, том 35, 6 , с.1010-1014
УДК 577.218.577.577.121.9
ИЗУЧЕНИЕ РЕГУЛЯЦИИ МЕТАБОЛИЗМА
ДЛИННОЦЕПОЧЕЧНЫХ ЖИРНЫХ КИСЛОТ С
ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ КОМПЬЮТЕРНОГО АНАЛИЗА
ПОЛНЫХ БАКТЕРИАЛЬНЫХ ГЕНОМОВ
2001 г.Н. С. Садовская, О. Н. Лайкова1,
А. А. Миронов1, М. С. Гельфанд1( misha@imb.imb.ac.ru)
Институт проблем передачи
информации, Москва, 101447
1Государственный научный центр
ГосНИИГенетика, Москва, 113545
Поступила в редакцию 18.04.2001 г.
Одним из важных направлений
геномики прокариот является основанное на
сравнительном анализе изучение
метаболических путей. Этот метод может
использоваться как для систем совместно
регулируемых генов, которые хорошо изучены
экспериментально, так и генов, регуляторные
сигналы которых не известны. В настоящей
работе методы сравнительного анализа
регуляторных сигналов применены к генам
ферментов метаболизма жирных кислот Escherichia
coli, Haemophilus influenzaе, Vibrio cholerae, Yersinia pestis.
Транскрипция этих генов регулируется
белком FadR
. Обнаружено, что
белок FadR
регулирует все стадии окисления
длинноцепочечных жирных кислот и частично
биосинтез жирных кислот. Показано, что ген
yafH, кодирующий ацил-СоА--дегидрогеназу
идентичен гену, описанному ранее как fadE.
Ключевые слова: компьютерный
анализ, функциональные сигналы, FadR, жирные
кислоты, Escherichia coli, Haemophilus influenzae, Vibrio cholerae,
Yersinia pestis.
Study of
Regulation of Long-Chain Fatty Acid Metabolism Using Computer Analysis of
Complete
2001 N.
S. Sadovskaya, O. N. Laikova, A. A. Mironov, and M. S. Gelfand
One of
the main trends in the prokaryote genomics is the comparative analysis of
metabolic pathways. This method can be used for the analysis of experimentally
studied systems of co-regulated genes, as well as genes with unknown regulatory
signals. In this study we apply the comparative analysis of regulatory signals
to the genes of the enzymes for fatty acid metabolism from Escherichia coli,
Haemophilus influenzae, Vibrio cholerae, Yersinia pestis. Transcription of these
genes is regulated by the FadR protein. We describe the FadR regulation of the
long-chain fatty acid oxidation and partially that of the fatty acid
biosynthesis. We also demonstrate that the gene yafH encoding acyl-CoA
dehydrogenase is identical to the gene fadE, previously identified by genetic
techniques.