Задача - создать выборку белков, выполняющих ту же функцию, что FadR из Escherichia coli
- Часть 1. Краткое описание прототипа по данным банка аминокислотных последовательностей Swiss-Prot, 15 марта 2004 года (43 релиз).
- Часть 2. Описание процедуры составления выборки
- Часть 3. Описание выборки
| Метка поля(line code) | Запись | |
| Внутренний уникальный постоянный идентификатор документа | AC | P09371 |
| Стандартное имя последовательности(идентификатор последовательности) | ID | FadR_ECOLI |
| Название белка, отражающее его функции | DE | регулятор метаболизма жирных кислот |
| Дата создания документа | DT | 01-март-1989 |
| Дата последнего исправления аннотации | DT | 15-март-2004 (43 релиз) |
| Название организма | OS | Escherichia coli, Escherichia coli O6, Escherichia coli O157:H7 |
| Полное название таксона | OC | Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Escherichia |
| Длина последовательности | SQ | 238 |
| Молекулярная масса белка | SQ | 26837 а.е.м. |
| Число публикаций, использованных при создании документа | RN | 9 |
| Название журнала с самой свежей публикацией | RL | Mol. Biol. |
| Описание вторичной структуры | FT | Описание состоит из анализа структуры: показывает, сколоко спиралей имеется, где начинаются и где заканчиваются. |
| Что содержит поле комментариев? | CC | Функции, субъединицу, к какой семье принадлежит |
| Какие особенности последовательности указаны? | FT | На остатках: с 33 по 52 находится мотив связывания с ДНК |
| Идентификатор файла PDB | DR | 1E2X; 1H9G; 1H9T; 1HW1; 1HW2; . |
При поиске использовалась поисковая система SRS, веб-сервер: http://srs.ebi.ac.uk. В поле Description писал полное название белка:Fatty acid metabolism regulator protein, в поле Taxonomy: название таксона: Bacteria, Archae, Eukaryota. Для поиска были использованы банки данных UniProt и SwissProt. Собственно, следующая картинка иллюстрирует результаты поиска:
 |
Критерии включаемости последовательности в выборку:
1) совпадают ли функции данного белка и искомого.
2) есть ли белок с данной функцией у данного вида.
