Практикум 10

1. Гомологи белка

В 7 задании я использовал ​​фермент Subtilisin (ID:”SUBT_BACPU”) (EC=3.4.21.62). Для выполнения 10 задания я скачал его с UniProtKB в формате fasta и загрузил на NCBI.

Параметры программы:

Standard

-Database: UniProtKB/Swiss-Prot(swissprot)

Program Selection

-Algorithm: blastp (protein-protein BLAST)

Algorithm parameters

Программа показала ровно 100 результатов, поэтому я изменил Max target sequences со 100 до 500 и получил 274 результата. Далее я повторял поиск меняя параментры Word size (изменил значение с 5 на 6). Число результатов стало 296.

Дальше я выбрал первые 5 белков выдачи BLAST и выровнял их в Jalview

2. гомологи зрелого вирусного белка, вырезанного из полипротеина

В записи Swiss-Prot я выбрал зрелый белок /note="Glycoprotein C" с координатами 647..1133. Я его вырезал командой seqret 'sw:gp_seou8[647:1133]' gp_seou8.fasta в отдельный файл.

Файл с последовательностью Glycoprotein C я поместил в BLAST и получил 22 результата.

Как видно из выравнивания все 6 последовательностей гомологичны, так как имеется большое число консервативных участков.

3. Исследование зависимости E-value от объёма банка

Я запустил поиск белков в UniProt, оставив только фильтр на вирусы Viruses (taxid:10239). Число находок не изменилось.

E-value (отличный от нуля) изменился у 4 находок. Например, у последовательности Q8JSZ3.1 он изменился с 0.005 на 2e-04. По формуле 0.005/(2*10^-4)*100% получается 0,25. То есть доля вирусных белков составляет 2,5%.