Практикум 9
Для выполнения 9 задания я выбрал мнемоники DHPS, EX7L, RL10.
1. Программа подсчёта инделей
Загружен на kodomo в директории ~/term2/indels/indels.py.
2. Глобальное парное выравнивание гомологичных белков
Таблица 1. Глобальное парное выравнивание гомологичных белков
| Protein Name |
ID 1 |
ID 2 |
Score |
% Identity |
% Similarity |
Gaps |
Indels |
| Exodeoxyribonuclease 7 large subunit |
EX7L_ECOLI |
EX7L_BACSU |
876.0 |
39.3 |
59.6 |
12 |
5 |
| Large ribosomal subunit protein uL10 |
RL10_ECOLI |
RL10_BACSU |
254.0 |
34.1 |
54.5 |
3 |
2 |
| Dihydropteroate synthase |
DHPS_ECOLI |
DHPS_BACSU |
500.0 |
40.0 |
56.0 |
33 |
9 |
3. Локальное парное выравнивание гомологичных белков
Таблица 2. Локальное парное выравнивание гомологичных белков.
| Protein Name |
ID 1 |
ID 2 |
Score |
% Identity |
% Similarity |
Gaps |
Indels |
Coverage 1 |
Coverage 2 |
| Exodeoxyribonuclease 7 large subunit |
EX7L_ECOLI |
EX7L_BACSU |
880.5 |
40.7 |
61.6 |
3 |
2 |
95.4 |
97.3 |
| Large ribosomal subunit protein uL10 |
RL10_ECOLI |
RL10_BACSU |
256.0 |
35.0 |
55.8 |
1 |
1 |
98.8 |
97.6 |
| Dihydropteroate synthase |
DHPS_ECOLI |
DHPS_BACSU |
515.5 |
43.2 |
61.4 |
8 |
3 |
91.5 |
88.4 |
4. Результат применения программ выравнивания к неродственным белкам
Таблица 3. Результат применения программ выравнивания к неродственным белкам
| Выравнивание |
ID 1 |
ID 2 |
Score |
% Identity |
% Similarity |
Gaps |
Indels |
Coverage 1 |
Coverage 2 |
| Needle |
CSE1_ECOLI |
CGOX_BACSU |
85.5 |
15.9 |
25.5 |
284 |
29 |
- |
- |
| Water |
CSE1_ECOLI |
CGOX_BACSU |
90.0 |
19.8 |
31.5 |
130 |
20 |
66.1 |
80 |
Из этого выравнивания можно сделать вывод, что эти белки не являются гомологичными. Это видно по низкому весу выравнивания, низкому проценту идентичности и большому числу гэпов.
5. Множественное выравнивание белков и импорт в Jalview
Для выполнения этого задания я выбрал мнемонику RL10. В UniProtKB нашлось 1,027 результатов. Выбрал 5 белков: RL10_RAT, RL10_DANRE, RL10_PONAB, RL10_YEAST, RL10_DROME.
Для их выравнивания я выбрал первый способ (через muscle). Создал текстовый файл (RL10.txt), затем создал новый файл в формате fasta - seqret @RL10.txt RL10.fasta, после этого запустил muscle: muscle -in RL10.fasta -out RL10_alignment.fasta.
Далее с помощью sftp перекинул его на свой компьютер, открыл в Jalview и раскрасил колонки выравнивания по проценту идентичности