На главную страницу вторго семестра

Поисковая система SRS

  1. Информация о банках данных
    Банк данных Группа
    Swiss-Prot UniProt Universal Protein Resource
    EMBL Nucleotide sequence databases
    PDB Protein structure databases

  2. Поля банков данных и индексы: Таксон гамма-протеобактерии
    Название таксона GAMMAPROTEOBACTERIA
    Количество документов в Swiss-Prot 38404
  3. Запросы
    № запроса Цель Строка запроса Количество найденных документов
    1 Поиск белка CUEO_ECOLI [swissprot-AccNumber:P36649*] 1
    2 Выборка белков из таксона "гамма-протеобактерии", которые выполняют функцию, сходную с функцией CUEO_ECOLI ([uniprot-Taxonomy:GAMMAPROTEOBACTERIA*] & ((((([uniprot-Description:Blue*] & [uniprot-Description:copper*]) & [uniprot-Description:oxidase*]) & [uniprot-Description:cueO*]) & [uniprot-Description:precursor*]) | [uniprot-Description:Blue copper oxidase cueO precursor*])) 5
    3 Найти белки из Yersinia pestis и Vibrio cholerae, функция которых схожа с функцией laccase (([uniref100-Organism:Yersinia pestis*] | [uniref100-Organism:Vibrio cholerae*]) & ((((([uniref100-Description:Blue*] & [uniref100-Description:copper*]) & [uniref100-Description:oxidase*]) & [uniref100-Description:cueO*]) & [uniref100-Description:precursor*]) | [uniref100-Description:Blue copper oxidase cueO precursor*] )) 1
    последовательность CUEO_ECOLI в формате fasta
  4. Выборка по таксону "гамма-бактерии"
    № AD AC Организм Таксон
    1 CUEO_ECO57 Q8X947 ESCHERICHIA COLI O157:H7 
    BACTERIA
PROTEOBACTERIA
GAMMAPROTEOBACTERIA
ENTEROBACTERIALES
ENTEROBACTERIACEAE
ESCHERICHIA
    2 CUEO_ECOLI 
    P36649
P75655
Q8KMZ0
    		 ESCHERICHIA COLI 
    BACTERIA
PROTEOBACTERIA
GAMMAPROTEOBACTERIA
ENTEROBACTERIALES
ENTEROBACTERIACEAE
ESCHERICHIA
    3 CUEO_SALTI Q8Z9E1 SALMONELLA TYPHI 
    BACTERIA
PROTEOBACTERIA
GAMMAPROTEOBACTERIA
ENTEROBACTERIALES
ENTEROBACTERIACEAE
SALMONELLA
    4 CUEO_SALTY 
    Q8ZRS2
Q938E6
    		 SALMONELLA TYPHIMURIUM 
    BACTERIA
PROTEOBACTERIA
GAMMAPROTEOBACTERIA
ENTEROBACTERIALES
ENTEROBACTERIACEAE
SALMONELLA
    5 CUEO_YERPE Q8ZBK0 YERSINIA PESTIS 
    BACTERIA
PROTEOBACTERIA
GAMMAPROTEOBACTERIA
ENTEROBACTERIALES
ENTEROBACTERIACEAE
YERSINIA
    последовательности найденных белков в формате fasta

    последовательность к заданию 5 в формате fasta

    ©Павел, Мазин