Матрицы переходов глобального и локального выравнивания

Первые аминокислотный остатки лакказы: MQRR, в качестве измененной последовательности взял ACQDR, выравнивания локальное и глобальное тут
Использовались следующие параметры:
Вес совпадения = +2
Вес замены = -1
Штраф за гэп = -2
В эквивалентных случаях выбирал замену, а не гэп, т.е. "сдвигал" гэпы к краям.
Результат глобального выравнивания:

-MQRR
ACQDR
-.*.*
Вес=0

Результат локального выравнивания:

QRR
QDR
*.*
Вес=3