На главную страницу вторго семестра

Программы построения выравниваний

1. Выравнивание последовательностей со схожей функцией (возможных гомологов)
   Результаты выравниваний: needle, water
   Результаты фактически одинаковые, в локальном выравнивании вырезан крайний гэп (т.е. последовательность укорочена на 2 остатка), соответственно остальные гэпы слишком короткие чтобы сделать вес равным нулю.
2. Выравнивание последовательностей, содержащих общие участки
   Результаты выравниваний: needle, water, matcher
   Расстояние между кусками слишком большое чтобы между ними можно было вставить гэп, соответственно в глобальном выравнивании первый участок (больший) выравнивается на соответствующие место, второй идет за ним без гэпа, в локальном выравнивании, второй просто отсутствует (т.к. без него вес больше на 2), и выдается только на втором месте программой matcher (так как ее вес меньше), на третьем месте идет случайное совпадение с небольшим весом.
3. Параметры программ построения выравниваний
   Результаты выравниваний: needle10_1, needle5_1, needle1_1,
   В первых двух случаях ничего не меняется т.к. нужен слишком большой (или слишком много) гэп (гэпов), в третьем случае вес увеличивается благодаря разбиению первого участка на несколько большим числом гэпов. Для того чтобы в выравнивании гомологичные участки оказались строго на месте необходимо уменьшить штраф за продолжение гэпа, соответственно если поставить его 0 - то
   Соответственно общие закономерности:
   1. Уменьшение любого штрафа увеличивает или оставляет прежним вес (очевидно, т.к. иначе останется прежнее выравнивание)
   2. При большом расстоянии между гомологичными участками имеет значение штраф за продолжение гэпа, а при большом числе гомологичных участков (потенциальных гэпов) штраф на открытие гэпа.
4. Карта локального сходства
   Результаты (рассчеыт производились с использованием матрицы blosum62 той что была в предыдущем блоке): dotmatcher, dotmatcher1, dotmatcher2
   Уменьшение размера окна приводит к уменьшению размера и увеличению количества учитываемых гомологичных участков ("черточек"), т.к. учитываются все участки заданной длины, уменьшение порога веса приводит к увеличению их числа, т.к. учитываются участки с таким или большим весом. Очевидно что если хоть одна последовательность длинная, то брать размер окна маленьким бессмысленно (т.е. размер окна должен быть хотя бы больше 1% большей последовательности), т.к. иначе будет много случайных совпадений (как в dotmatcher1). Пороговый вес должен быть скореллирован с размером окна (не превышать определенную величину), иначе на карте вообще не будет совпадений (как, dotmatcher2)