Работа с программой BLAST

Поиск белка по его последовательности

В swissprot

порядковый номер в выдаче Score E-value

1 955 0.0

По pdb

pdb	Идентификатор цепи	Score	E-value	начало/конец выравнивания во входной последовательности	начало/конец выравнивания в находке	процент совпадения
1KV7	A	899	0.0	29/516	1/488	100%

Как уже отмечалось в первом семестре из-за несовершенства РСА в pdb структуре лакказы отстутствует часть остатков, остальные совпадают строго. Цепь в лакказе одна.

Поиск белка по его гомологу

порядковый номер в выдаче	Score	E-value	начало/конец выравнивания во входной последовательности	начало/конец выравнивания в находке	процент совпадения
3	692	0.0	1/531	1/516	64% (75% - схожих)

Первая последовательность - та по которой велся поиск.

Поиск белка по фрагментам его последовательности

порядковый номер в выдаче	Score	E-value	начало/конец выравнивания во входной последовательности	начало/конец выравнивания в находке	процент совпадения
3	27.7	7.8	1/16	121/136	81% (87% - схожих)

Разные пользовательские интерфейсы BLAST
При недолгом изучении все три интерфейса кажутся примерно одинаковыми по возможностям, интерфейс пастеровского института показался несколько менее удобеным и понятным, особенно тем что результат высылается на почту, и с существенной задержкой. Наиболее дружелюбный интерфейс (субъективно) на EBI, результаты, что очевидно, одинаковые если сделать одинаковые настройки.
Является ли BLAST инструментом для поиска ортологов?
Искомый белок имеет AC P36944, первые 20 белков найденных программой BLAST являются так или иначе регуляторами транскрипции, т.е. в общем несут схожие функции. Все белки найденные в UniProtKB/Swiss-Prot с описанием "Ribose operon repressor" найдены программой BLAST в первых 16 последовательностях, т.е. они не только выполняют схожие функции но и являются ортолгами, хотя у большинства из найденных последовательностей маленькие веса. Программа BLAST не может искать ортологи, но может использоваться как инструмент в таковых поисках.