На главную страницу вторго семестра

Сравнение фрагмента полного множественного выравнивания, полученного с помощью программы ClustalW, с соответствующим фрагментом "эталонного" выравнивания из SMART

1. Получение "эталонного" выравнивания из банка выравниваний SMART
   Cu-oxidase_3.msf
2. Получение фрагмента для дальнейшего детального исследования, с помощью GeneDoc
   benchmark.msf

   *

   2

   0

   *

   4

   0

   *

   F

   E

   T

   3

   _

   C

   A

   N

   G

   A

   :

   M

   D

   G

   V

   P

   Y

   L

   T

   Q

   C

   P

   I

   G

   P

   -

   G

   D

   T

   M

   L

   Y

   N

   F

   T

   V

   D

   E

   -

   N

   V

   G

   T

   Y

   W

   Y

   H

   S

   H

   T

   D

   G

   -

   -

   -

   Q

   Y

   E

   -

   D

   G

   M

   R

   G

   L

   F

   V

   I

   :

   5

   1

   F

   I

   O

   1

   _

   S

   C

   H

   P

   O

   :

   M

   D

   G

   V

   P

   Q

   S

   T

   Q

   C

   E

   I

   P

   P

   -

   G

   A

   T

   F

   Y

   Y

   N

   Y

   T

   A

   L

   Q

   -

   -

   N

   G

   T

   Y

   W

   V

   H

   S

   H

   D

   M

   S

   -

   -

   -

   Q

   Y

   P

   -

   D

   G

   L

   R

   T

   P

   F

   I

   I

   :

   5

   0

   L

   A

   C

   1

   _

   C

   R

   Y

   P

   A

   :

   Q

   D

   G

   V

   N

   G

   I

   T

   E

   C

   P

   I

   P

   P

   N

   G

   G

   S

   K

   T

   Y

   T

   F

   I

   A

   H

   Q

   -

   -

   Y

   G

   T

   S

   W

   Y

   H

   S

   H

   F

   S

   A

   -

   -

   -

   Q

   Y

   G

   -

   N

   G

   I

   V

   G

   A

   I

   Q

   I

   :

   5

   1

   P

   C

   O

   A

   _

   E

   C

   O

   L

   I

   :

   M

   D

   G

   V

   P

   G

   L

   S

   F

   M

   G

   I

   E

   P

   -

   D

   D

   T

   Y

   V

   Y

   T

   F

   K

   V

   K

   Q

   -

   -

   N

   G

   T

   Y

   W

   Y

   H

   S

   H

   S

   G

   L

   -

   -

   -

   Q

   E

   Q

   -

   E

   G

   V

   Y

   G

   A

   I

   I

   I

   :

   5

   0

   C

   O

   P

   A

   2

   _

   P

   S

   E

   S

   :

   M

   D

   G

   V

   P

   G

   L

   S

   F

   D

   G

   I

   A

   P

   -

   D

   G

   M

   Y

   V

   Y

   R

   F

   K

   V

   R

   Q

   -

   -

   H

   G

   T

   Y

   W

   Y

   H

   S

   H

   S

   G

   F

   -

   -

   -

   Q

   E

   Q

   -

   S

   G

   V

   Y

   G

   P

   L

   V

   I

   :

   5

   0

3. Получение полных последовательностей в формате FASTA
   full_seq.fasta
4. Построение множественного выравнивания последовательностей из full_seq.fasta, с помощью программы ClustalW
   clustalw.msf

   																						*									2	0										*									4	0										*									6	0
   F	E	T	3	_	C	A	N	G	A		:		-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	M	M	V	P	L	L	L	S	T	Y	F	I	T	A	V		:			1	5
   F	I	O	1	_	S	C	H	P	O		:		-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	M	N	K	F	F	S	F	P	I	L	G	L	L	L	T	C	V	R	F	V	V	A		:			2	2
   P	C	O	A	_	E	C	O	L	I		:		-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	M	L	L	K	T	S	R	R	T	F	L	K	G	L	T	L	S	G	V	A	G	S	L	G	V	W	S	F	N	A	R	S	S	L	S	L	P	V	A		:			3	9
   C	O	P	A	2	_	P	S	E	S		:		-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	M	P	T	R	T	S	R	R	T	F	V	K	G	L	A	A	S	S	I	L	S	G	L	G	L	W	R	S	P	A	W	A	L	P	N	P	G	Q	P		:			3	9
   L	A	C	1	_	C	R	Y	P	A		:		M	P	S	F	F	R	A	L	F	S	G	L	I	A	S	Q	L	S	W	A	A	P	S	L	L	H	P	L	E	P	R	Q	Q	P	N	C	N	T	A	S	N	R	A	C	W	I	S	G	S	Y	D	I	T	T	D	Y	E	V	K	T	P	L	T	G		:			6	4

   *

   8

   0

   *

   1

   0

   0

   *

   1

   2

   0

   F

   E

   T

   3

   _

   C

   A

   N

   G

   A

   :

   Y

   G

   A

   T

   H

   T

   F

   H

   W

   T

   T

   G

   W

   G

   N

   R

   N

   V

   D

   G

   I

   K

   E

   R

   P

   V

   I

   T

   C

   N

   G

   E

   Y

   P

   W

   P

   D

   V

   R

   V

   A

   K

   G

   D

   R

   I

   E

   V

   Y

   L

   T

   N

   G

   F

   N

   N

   -

   T

   N

   T

   S

   L

   H

   F

   :

   7

   8

   F

   I

   O

   1

   _

   S

   C

   H

   P

   O

   :

   K

   E

   R

   L

   F

   E

   W

   N

   V

   T

   D

   V

   Y

   D

   V

   D

   P

   D

   G

   S

   G

   N

   S

   R

   W

   V

   I

   G

   V

   N

   N

   K

   W

   P

   I

   D

   P

   L

   V

   V

   D

   Y

   G

   D

   Q

   V

   I

   I

   K

   M

   T

   N

   S

   L

   A

   N

   N

   R

   T

   T

   S

   L

   H

   S

   :

   8

   6

   P

   C

   O

   A

   _

   E

   C

   O

   L

   I

   :

   A

   S

   L

   Q

   G

   T

   Q

   F

   D

   L

   T

   I

   G

   E

   T

   A

   V

   N

   I

   T

   G

   S

   E

   R

   Q

   A

   K

   T

   I

   N

   G

   G

   L

   P

   G

   P

   V

   L

   R

   W

   K

   E

   G

   D

   T

   I

   T

   L

   K

   V

   K

   N

   R

   L

   N

   E

   -

   -

   Q

   T

   S

   I

   H

   W

   :

   1

   0

   1

   C

   O

   P

   A

   2

   _

   P

   S

   E

   S

   :

   D

   G

   L

   S

   G

   T

   E

   F

   D

   L

   T

   I

   G

   E

   T

   Q

   V

   N

   I

   T

   G

   N

   A

   R

   T

   A

   M

   T

   I

   N

   G

   G

   I

   P

   G

   P

   L

   L

   R

   W

   R

   E

   G

   D

   T

   V

   T

   L

   R

   V

   K

   N

   R

   L

   D

   E

   -

   -

   T

   T

   S

   I

   H

   W

   :

   1

   0

   1

   L

   A

   C

   1

   _

   C

   R

   Y

   P

   A

   :

   V

   V

   R

   Q

   Y

   D

   L

   T

   L

   T

   Q

   A

   E

   N

   W

   L

   G

   P

   D

   G

   V

   V

   K

   E

   D

   V

   M

   L

   V

   N

   G

   N

   I

   L

   G

   P

   V

   I

   H

   A

   Q

   W

   G

   D

   T

   I

   S

   V

   T

   V

   T

   N

   N

   L

   K

   Y

   N

   -

   G

   T

   T

   I

   H

   W

   :

   1

   2

   7

   *

   1

   4

   0

   *

   1

   6

   0

   *

   1

   8

   0

   *

   F

   E

   T

   3

   _

   C

   A

   N

   G

   A

   :

   H

   G

   M

   F

   Q

   R

   G

   T

   N

   Q

   M

   D

   G

   V

   P

   Y

   L

   T

   Q

   C

   P

   I

   G

   P

   G

   D

   T

   M

   L

   Y

   N

   F

   T

   V

   D

   E

   N

   V

   G

   T

   Y

   W

   Y

   H

   S

   H

   T

   D

   G

   Q

   Y

   E

   D

   G

   M

   R

   G

   L

   F

   V

   I

   E

   D

   G

   :

   1

   4

   2

   F

   I

   O

   1

   _

   S

   C

   H

   P

   O

   :

   H

   G

   L

   F

   Q

   K

   F

   T

   P

   Y

   M

   D

   G

   V

   P

   Q

   S

   T

   Q

   C

   E

   I

   P

   P

   G

   A

   T

   F

   Y

   Y

   N

   Y

   T

   A

   L

   Q

   N

   G

   -

   T

   Y

   W

   V

   H

   S

   H

   D

   M

   S

   Q

   Y

   P

   D

   G

   L

   R

   T

   P

   F

   I

   I

   N

   -

   -

   :

   1

   4

   7

   P

   C

   O

   A

   _

   E

   C

   O

   L

   I

   :

   H

   G

   I

   I

   L

   P

   A

   N

   -

   -

   M

   D

   G

   V

   P

   G

   L

   S

   F

   M

   G

   I

   E

   P

   D

   D

   T

   Y

   V

   Y

   T

   F

   K

   V

   K

   Q

   N

   G

   -

   T

   Y

   W

   Y

   H

   S

   H

   S

   G

   L

   Q

   E

   Q

   E

   G

   V

   Y

   G

   A

   I

   I

   I

   D

   -

   -

   :

   1

   6

   0

   C

   O

   P

   A

   2

   _

   P

   S

   E

   S

   :

   H

   G

   I

   I

   L

   P

   A

   N

   -

   -

   M

   D

   G

   V

   P

   G

   L

   S

   F

   D

   G

   I

   A

   P

   D

   G

   M

   Y

   V

   Y

   R

   F

   K

   V

   R

   Q

   H

   G

   -

   T

   Y

   W

   Y

   H

   S

   H

   S

   G

   F

   Q

   E

   Q

   S

   G

   V

   Y

   G

   P

   L

   V

   I

   D

   -

   -

   :

   1

   6

   0

   L

   A

   C

   1

   _

   C

   R

   Y

   P

   A

   :

   H

   G

   I

   R

   Q

   L

   N

   T

   N

   L

   Q

   D

   G

   V

   N

   G

   I

   T

   E

   C

   P

   I

   P

   P

   N

   G

   G

   S

   K

   T

   Y

   T

   F

   I

   A

   H

   Q

   Y

   G

   T

   S

   W

   Y

   H

   S

   H

   F

   S

   A

   Q

   Y

   G

   N

   G

   I

   V

   G

   A

   I

   Q

   I

   D

   G

   -

   :

   1

   9

   0

   2

   0

   0

   *

   2

   2

   0

   *

   2

   4

   0

   *

   F

   E

   T

   3

   _

   C

   A

   N

   G

   A

   :

   E

   N

   N

   K

   N

   F

   P

   Y

   E

   Y

   D

   E

   D

   V

   M

   L

   S

   I

   G

   E

   W

   Y

   D

   -

   T

   T

   V

   D

   V

   L

   T

   -

   R

   K

   F

   L

   N

   L

   N

   N

   P

   T

   G

   A

   E

   P

   I

   P

   Q

   N

   L

   I

   L

   N

   N

   T

   M

   N

   L

   T

   W

   E

   V

   Q

   :

   2

   0

   4

   F

   I

   O

   1

   _

   S

   C

   H

   P

   O

   :

   -

   -

   A

   L

   E

   E

   P

   Y

   D

   Y

   D

   E

   E

   Y

   I

   I

   S

   M

   T

   D

   W

   Y

   Y

   -

   T

   P

   F

   N

   I

   L

   V

   P

   D

   E

   F

   K

   T

   W

   K

   N

   P

   T

   G

   A

   E

   P

   V

   P

   D

   T

   G

   L

   F

   N

   D

   T

   A

   N

   A

   T

   F

   A

   M

   E

   :

   2

   0

   8

   P

   C

   O

   A

   _

   E

   C

   O

   L

   I

   :

   -

   A

   R

   E

   P

   E

   P

   F

   A

   Y

   D

   R

   E

   H

   V

   V

   M

   L

   S

   D

   W

   T

   D

   E

   N

   P

   H

   S

   L

   L

   K

   K

   L

   K

   K

   Q

   S

   D

   Y

   Y

   N

   F

   N

   K

   P

   T

   V

   G

   S

   F

   F

   R

   D

   V

   N

   T

   R

   G

   L

   S

   A

   T

   I

   A

   :

   2

   2

   3

   C

   O

   P

   A

   2

   _

   P

   S

   E

   S

   :

   -

   A

   K

   E

   P

   E

   P

   F

   T

   Y

   E

   R

   E

   H

   V

   V

   M

   L

   T

   D

   W

   A

   D

   E

   D

   P

   A

   R

   V

   M

   K

   K

   L

   K

   K

   Q

   S

   D

   Y

   Y

   N

   N

   N

   K

   R

   T

   V

   G

   D

   F

   I

   N

   D

   V

   G

   E

   K

   G

   W

   S

   A

   T

   T

   A

   :

   2

   2

   3

   L

   A

   C

   1

   _

   C

   R

   Y

   P

   A

   :

   P

   A

   S

   L

   P

   Y

   D

   I

   D

   L

   G

   P

   L

   V

   L

   S

   D

   Y

   Y

   Y

   K

   T

   A

   D

   E

   L

   V

   V

   Y

   T

   Q

   S

   N

   A

   P

   P

   A

   S

   D

   N

   V

   L

   F

   N

   G

   T

   N

   I

   N

   P

   A

   N

   T

   T

   Q

   G

   Q

   Y

   K

   T

   I

   T

   L

   T

   :

   2

   5

   4

   2

   6

   0

   *

   2

   8

   0

   *

   3

   0

   0

   *

   3

   2

   0

   F

   E

   T

   3

   _

   C

   A

   N

   G

   A

   :

   P

   D

   T

   T

   Y

   L

   L

   R

   I

   V

   N

   V

   G

   G

   F

   V

   S

   Q

   Y

   F

   W

   I

   E

   D

   H

   E

   M

   E

   V

   V

   E

   V

   D

   G

   V

   Y

   V

   E

   K

   N

   T

   T

   N

   M

   L

   Y

   I

   T

   V

   A

   Q

   R

   Y

   A

   V

   L

   V

   H

   T

   K

   N

   D

   T

   S

   :

   2

   6

   8

   F

   I

   O

   1

   _

   S

   C

   H

   P

   O

   :

   P

   G

   K

   T

   Y

   R

   L

   R

   F

   I

   N

   I

   G

   A

   F

   N

   N

   Y

   D

   V

   M

   I

   E

   D

   H

   N

   M

   T

   I

   I

   E

   V

   D

   G

   E

   Y

   T

   E

   P

   Q

   E

   V

   S

   S

   I

   H

   L

   T

   V

   A

   Q

   R

   Y

   S

   V

   L

   V

   T

   A

   K

   N

   S

   T

   D

   :

   2

   7

   2

   P

   C

   O

   A

   _

   E

   C

   O

   L

   I

   :

   D

   R

   K

   M

   W

   A

   E

   M

   K

   M

   N

   P

   T

   D

   L

   A

   D

   V

   S

   G

   Y

   T

   Y

   T

   Y

   L

   M

   N

   G

   Q

   A

   P

   L

   K

   N

   W

   T

   G

   L

   F

   R

   P

   G

   E

   K

   I

   R

   L

   R

   F

   I

   N

   G

   S

   A

   M

   T

   Y

   F

   D

   I

   R

   I

   P

   :

   2

   8

   7

   C

   O

   P

   A

   2

   _

   P

   S

   E

   S

   :

   E

   R

   W

   M

   W

   A

   Q

   M

   K

   M

   N

   P

   T

   D

   L

   A

   D

   V

   S

   G

   A

   T

   Y

   T

   Y

   L

   M

   N

   G

   Q

   A

   P

   N

   M

   N

   W

   T

   G

   L

   F

   K

   P

   G

   E

   Q

   I

   R

   L

   R

   F

   I

   N

   G

   S

   S

   M

   T

   Y

   F

   D

   V

   R

   I

   P

   :

   2

   8

   7

   L

   A

   C

   1

   _

   C

   R

   Y

   P

   A

   :

   P

   G

   K

   R

   H

   R

   L

   R

   I

   I

   N

   T

   S

   V

   E

   N

   N

   F

   Q

   V

   S

   I

   V

   G

   H

   S

   M

   T

   V

   I

   E

   S

   D

   F

   V

   P

   V

   D

   S

   F

   T

   T

   D

   S

   L

   F

   V

   G

   I

   G

   Q

   R

   Y

   D

   V

   T

   I

   D

   A

   S

   Q

   A

   T

   D

   :

   3

   1

   8

   *

   3

   4

   0

   *

   3

   6

   0

   *

   3

   8

   0

   F

   E

   T

   3

   _

   C

   A

   N

   G

   A

   :

   K

   N

   F

   A

   I

   M

   Q

   K

   F

   D

   D

   T

   M

   L

   D

   V

   I

   P

   K

   D

   L

   Q

   L

   N

   A

   T

   S

   Y

   L

   V

   Y

   D

   K

   S

   K

   P

   M

   P

   E

   Q

   N

   Y

   V

   D

   S

   I

   D

   D

   Y

   L

   D

   D

   F

   Y

   L

   V

   P

   M

   D

   K

   E

   E

   L

   Y

   :

   3

   3

   2

   F

   I

   O

   1

   _

   S

   C

   H

   P

   O

   :

   R

   N

   Y

   A

   I

   T

   A

   Y

   M

   D

   E

   S

   L

   F

   D

   T

   I

   P

   D

   N

   Y

   N

   P

   N

   V

   T

   A

   W

   L

   S

   Y

   N

   S

   D

   A

   S

   Y

   D

   L

   G

   P

   D

   I

   D

   E

   I

   D

   S

   Y

   D

   D

   A

   E

   L

   N

   P

   L

   Y

   S

   W

   D

   -

   -

   V

   :

   3

   3

   4

   P

   C

   O

   A

   _

   E

   C

   O

   L

   I

   :

   G

   L

   K

   M

   T

   V

   V

   A

   A

   D

   G

   Q

   Y

   V

   N

   P

   V

   T

   V

   D

   E

   F

   R

   I

   A

   V

   A

   E

   T

   Y

   D

   V

   I

   V

   E

   P

   Q

   G

   E

   A

   Y

   T

   I

   F

   A

   Q

   S

   M

   D

   R

   T

   G

   Y

   A

   R

   G

   T

   L

   A

   T

   R

   E

   G

   L

   :

   3

   5

   1

   C

   O

   P

   A

   2

   _

   P

   S

   E

   S

   :

   G

   L

   K

   M

   T

   V

   V

   A

   S

   D

   G

   L

   H

   I

   K

   P

   V

   V

   V

   D

   E

   L

   R

   I

   A

   V

   A

   E

   T

   F

   D

   V

   I

   V

   E

   P

   A

   D

   G

   A

   Y

   T

   L

   F

   A

   Q

   S

   M

   D

   R

   T

   G

   F

   A

   R

   G

   T

   L

   T

   S

   R

   P

   G

   M

   :

   3

   5

   1

   L

   A

   C

   1

   _

   C

   R

   Y

   P

   A

   :

   N

   Y

   W

   M

   N

   V

   T

   F

   G

   G

   G

   G

   F

   C

   G

   K

   S

   N

   N

   P

   Y

   P

   A

   A

   I

   I

   H

   Y

   N

   G

   A

   S

   N

   S

   H

   P

   T

   N

   K

   G

   -

   -

   V

   A

   P

   A

   D

   H

   E

   C

   L

   D

   L

   L

   N

   L

   V

   P

   V

   V

   P

   R

   S

   I

   :

   3

   8

   0

   *

   4

   0

   0

   *

   4

   2

   0

   *

   4

   4

   0

   F

   E

   T

   3

   _

   C

   A

   N

   G

   A

   :

   P

   E

   A

   D

   H

   V

   I

   T

   I

   D

   V

   I

   M

   D

   N

   L

   I

   N

   G

   V

   N

   Y

   A

   F

   F

   N

   N

   I

   T

   Y

   T

   T

   P

   K

   V

   P

   T

   L

   L

   T

   V

   L

   S

   A

   G

   Q

   D

   -

   -

   A

   L

   N

   P

   F

   I

   Y

   G

   T

   N

   T

   N

   T

   F

   V

   :

   3

   9

   4

   F

   I

   O

   1

   _

   S

   C

   H

   P

   O

   :

   T

   E

   S

   N

   H

   S

   I

   N

   I

   W

   F

   D

   F

   F

   T

   L

   G

   D

   G

   A

   N

   Y

   A

   E

   I

   N

   D

   S

   S

   Y

   V

   F

   P

   K

   V

   P

   S

   I

   M

   I

   A

   N

   S

   T

   N

   V

   D

   G

   Y

   N

   L

   E

   P

   V

   T

   Y

   G

   P

   Y

   T

   N

   A

   Y

   I

   :

   3

   9

   8

   P

   C

   O

   A

   _

   E

   C

   O

   L

   I

   :

   S

   A

   A

   V

   P

   P

   L

   D

   P

   R

   P

   L

   L

   T

   M

   E

   D

   M

   G

   M

   G

   G

   M

   G

   H

   D

   M

   A

   G

   M

   D

   H

   S

   Q

   M

   G

   G

   M

   D

   N

   S

   G

   E

   M

   M

   S

   M

   D

   G

   A

   D

   L

   P

   D

   S

   G

   T

   S

   S

   A

   P

   M

   D

   H

   :

   4

   1

   5

   C

   O

   P

   A

   2

   _

   P

   S

   E

   S

   :

   Q

   A

   E

   V

   P

   P

   L

   D

   P

   R

   P

   L

   L

   S

   M

   D

   D

   M

   G

   M

   A

   G

   M

   D

   H

   G

   S

   M

   N

   H

   S

   A

   K

   P

   A

   M

   D

   G

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   M

   D

   H

   S

   K

   M

   D

   H

   :

   3

   9

   7

   L

   A

   C

   1

   _

   C

   R

   Y

   P

   A

   :

   P

   T

   S

   G

   F

   V

   A

   A

   S

   D

   N

   T

   L

   D

   V

   Q

   L

   S

   T

   T

   T

   R

   K

   W

   T

   I

   N

   G

   S

   T

   L

   D

   V

   D

   W

   G

   H

   P

   I

   T

   Q

   Y

   V

   I

   N

   K

   S

   T

   A

   W

   P

   S

   T

   D

   N

   V

   W

   L

   V

   E

   E

   A

   N

   Q

   :

   4

   4

   4

   *

   4

   6

   0

   *

   4

   8

   0

   *

   5

   0

   0

   *

   F

   E

   T

   3

   _

   C

   A

   N

   G

   A

   :

   L

   K

   K

   G

   E

   V

   V

   D

   L

   I

   V

   N

   N

   Q

   D

   T

   G

   K

   H

   P

   F

   H

   L

   H

   G

   H

   V

   F

   Q

   T

   I

   L

   R

   D

   R

   E

   F

   D

   D

   A

   K

   G

   E

   K

   P

   H

   S

   F

   N

   D

   S

   D

   H

   A

   A

   Y

   P

   S

   I

   P

   M

   K

   R

   D

   :

   4

   5

   8

   F

   I

   O

   1

   _

   S

   C

   H

   P

   O

   :

   F

   E

   Y

   G

   D

   V

   V

   D

   V

   I

   I

   D

   N

   H

   D

   T

   G

   K

   H

   P

   F

   H

   L

   H

   G

   H

   T

   F

   Q

   V

   L

   E

   R

   G

   E

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   E

   N

   A

   G

   L

   Y

   S

   D

   Q

   E

   S

   H

   T

   Y

   Y

   D

   N

   P

   M

   R

   R

   D

   :

   4

   5

   5

   P

   C

   O

   A

   _

   E

   C

   O

   L

   I

   :

   S

   S

   M

   A

   G

   M

   D

   H

   S

   R

   M

   A

   G

   M

   P

   G

   -

   -

   M

   Q

   S

   H

   P

   A

   S

   E

   T

   D

   N

   P

   L

   V

   D

   M

   Q

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   A

   M

   S

   V

   S

   P

   K

   L

   N

   D

   P

   G

   I

   G

   L

   R

   N

   N

   G

   R

   :

   4

   6

   8

   C

   O

   P

   A

   2

   _

   P

   S

   E

   S

   :

   D

   S

   M

   P

   G

   M

   D

   H

   G

   T

   M

   P

   M

   Q

   E

   A

   P

   V

   M

   Q

   S

   H

   P

   D

   S

   E

   R

   N

   N

   P

   L

   V

   D

   M

   Q

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   A

   M

   S

   T

   S

   A

   K

   L

   N

   D

   P

   G

   I

   G

   L

   R

   D

   N

   G

   R

   :

   4

   5

   2

   L

   A

   C

   1

   _

   C

   R

   Y

   P

   A

   :

   W

   A

   Y

   W

   L

   I

   E

   N

   D

   P

   T

   A

   T

   G

   N

   A

   L

   P

   H

   P

   I

   H

   L

   H

   G

   H

   D

   F

   V

   V

   L

   G

   R

   S

   P

   N

   V

   S

   P

   T

   A

   Q

   T

   P

   Y

   T

   F

   T

   S

   S

   D

   V

   S

   S

   L

   N

   G

   N

   N

   P

   I

   R

   R

   D

   :

   5

   0

   8

   5

   2

   0

   *

   5

   4

   0

   *

   5

   6

   0

   *

   F

   E

   T

   3

   _

   C

   A

   N

   G

   A

   :

   T

   V

   Y

   L

   N

   P

   Q

   S

   N

   M

   V

   L

   R

   F

   K

   A

   D

   N

   P

   G

   V

   W

   F

   F

   H

   C

   H

   I

   E

   W

   H

   L

   L

   Q

   G

   L

   A

   V

   V

   M

   V

   E

   D

   P

   I

   S

   I

   Q

   N

   T

   A

   S

   Q

   H

   L

   T

   A

   N

   G

   L

   Q

   V

   C

   G

   :

   5

   2

   2

   F

   I

   O

   1

   _

   S

   C

   H

   P

   O

   :

   T

   V

   E

   I

   E

   P

   G

   S

   F

   I

   V

   I

   R

   F

   I

   A

   D

   N

   P

   G

   A

   W

   V

   I

   H

   C

   H

   I

   E

   W

   H

   M

   E

   S

   G

   L

   L

   A

   T

   F

   I

   E

   A

   P

   E

   M

   I

   P

   S

   I

   S

   S

   P

   D

   F

   V

   K

   E

   Q

   C

   M

   L

   D

   G

   :

   5

   1

   9

   P

   C

   O

   A

   _

   E

   C

   O

   L

   I

   :

   K

   V

   L

   T

   Y

   A

   D

   L

   K

   S

   R

   F

   E

   D

   P

   D

   G

   R

   E

   P

   G

   R

   T

   I

   E

   L

   H

   L

   T

   G

   H

   M

   E

   K

   F

   A

   W

   S

   F

   N

   G

   I

   K

   F

   S

   D

   A

   A

   P

   V

   L

   L

   K

   Y

   G

   E

   R

   L

   R

   I

   T

   L

   I

   N

   :

   5

   3

   2

   C

   O

   P

   A

   2

   _

   P

   S

   E

   S

   :

   K

   V

   L

   T

   Y

   A

   D

   L

   R

   S

   T

   F

   E

   D

   P

   D

   G

   R

   E

   P

   S

   R

   T

   I

   E

   L

   H

   L

   T

   G

   H

   M

   E

   K

   F

   A

   W

   S

   F

   D

   G

   V

   K

   F

   S

   D

   A

   K

   P

   L

   M

   L

   K

   Y

   G

   E

   R

   V

   R

   I

   V

   L

   V

   N

   :

   5

   1

   6

   L

   A

   C

   1

   _

   C

   R

   Y

   P

   A

   :

   V

   V

   M

   L

   P

   P

   K

   G

   W

   L

   L

   I

   A

   F

   Q

   T

   T

   N

   P

   G

   A

   W

   L

   M

   H

   C

   H

   I

   A

   W

   H

   V

   S

   A

   G

   L

   G

   N

   T

   F

   L

   E

   Q

   P

   S

   A

   F

   V

   A

   G

   L

   N

   T

   N

   D

   V

   N

   Q

   L

   N

   S

   Q

   C

   K

   :

   5

   7

   2

   5

   8

   0

   *

   6

   0

   0

   *

   6

   2

   0

   *

   6

   4

   0

   F

   E

   T

   3

   _

   C

   A

   N

   G

   A

   :

   N

   V

   K

   V

   P

   T

   Q

   G

   N

   A

   A

   A

   N

   D

   S

   D

   F

   F

   N

   L

   E

   G

   Q

   N

   V

   Q

   H

   K

   S

   I

   P

   T

   G

   F

   T

   K

   K

   G

   I

   I

   A

   M

   T

   F

   S

   C

   L

   A

   G

   V

   L

   G

   I

   T

   M

   I

   A

   I

   Y

   G

   F

   S

   E

   I

   :

   5

   8

   6

   F

   I

   O

   1

   _

   S

   C

   H

   P

   O

   :

   -

   -

   -

   V

   P

   T

   I

   G

   N

   G

   A

   G

   N

   Y

   K

   N

   I

   S

   D

   L

   S

   G

   A

   P

   S

   P

   P

   G

   E

   M

   P

   A

   G

   W

   T

   S

   K

   A

   I

   G

   T

   M

   A

   A

   C

   V

   I

   S

   A

   C

   I

   G

   M

   G

   S

   I

   I

   F

   Y

   G

   A

   S

   I

   H

   :

   5

   8

   0

   P

   C

   O

   A

   _

   E

   C

   O

   L

   I

   :

   D

   T

   M

   M

   T

   H

   P

   I

   H

   L

   H

   G

   M

   W

   S

   D

   L

   E

   D

   E

   N

   G

   N

   F

   M

   V

   R

   K

   H

   T

   I

   D

   V

   P

   P

   G

   T

   K

   R

   S

   Y

   R

   V

   T

   A

   D

   A

   L

   G

   R

   W

   A

   Y

   H

   C

   H

   L

   L

   Y

   H

   M

   E

   M

   G

   :

   5

   9

   6

   C

   O

   P

   A

   2

   _

   P

   S

   E

   S

   :

   D

   T

   M

   M

   T

   H

   P

   I

   H

   L

   H

   G

   M

   W

   S

   D

   L

   E

   D

   E

   N

   G

   Q

   F

   M

   V

   R

   K

   H

   T

   I

   D

   M

   P

   P

   G

   S

   R

   R

   S

   Y

   R

   V

   T

   A

   D

   A

   L

   G

   R

   W

   A

   Y

   H

   C

   H

   M

   L

   Y

   H

   M

   E

   M

   G

   :

   5

   8

   0

   L

   A

   C

   1

   _

   C

   R

   Y

   P

   A

   :

   S

   W

   N

   A

   Y

   Y

   P

   S

   K

   D

   I

   F

   K

   Q

   D

   D

   S

   G

   V

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   :

   5

   9

   1

   																						*								6	6	0										*								6	8	0
   F	E	T	3	_	C	A	N	G	A		:		P	E	P	E	I	K	V	M	R	N	L	H	L	N	P	E	D	V	L	E	K	T	S	S	S	S	V	I	S	A	S	N	S	S	S	L	E	D	S	R	N	Q	K	K	K	F	I	F	F		:		6	3	5
   F	I	O	1	_	S	C	H	P	O		:		P	V	P	T	E	E	L	D	E	N	D	D	L	Q	E	A	A	L	E	N	A	A	M	F	L	D	T	D	K	A	V	E	K	V	V	E	G	K	D	E	I	K	-	-	-	-	-	-	-		:		6	2	2
   P	C	O	A	_	E	C	O	L	I		:		M	F	R	E	V	R	V	E	E	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-		:		6	0	5
   C	O	P	A	2	_	P	S	E	S		:		M	F	R	E	V	R	V	E	E	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-		:		5	8	9
   L	A	C	1	_	C	R	Y	P	A		:		-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-		:				-

5. Сравнение полученных выравниваний
   Для сравнения полученных последоватеьностей я вырезал из выравненой в предыдущем задании интересующий нас участок:

   *

   2

   0

   *

   4

   0

   *

   F

   E

   T

   3

   _

   C

   A

   N

   G

   A

   :

   M

   D

   G

   V

   P

   Y

   L

   T

   Q

   C

   P

   I

   G

   P

   G

   D

   T

   M

   L

   Y

   N

   F

   T

   V

   D

   E

   N

   V

   G

   T

   Y

   W

   Y

   H

   S

   H

   T

   D

   G

   Q

   Y

   E

   D

   G

   M

   R

   G

   L

   F

   V

   I

   :

   5

   1

   F

   I

   O

   1

   _

   S

   C

   H

   P

   O

   :

   M

   D

   G

   V

   P

   Q

   S

   T

   Q

   C

   E

   I

   P

   P

   G

   A

   T

   F

   Y

   Y

   N

   Y

   T

   A

   L

   Q

   N

   G

   -

   T

   Y

   W

   V

   H

   S

   H

   D

   M

   S

   Q

   Y

   P

   D

   G

   L

   R

   T

   P

   F

   I

   I

   :

   5

   0

   L

   A

   C

   1

   _

   C

   R

   Y

   P

   A

   :

   Q

   D

   G

   V

   N

   G

   I

   T

   E

   C

   P

   I

   P

   P

   N

   G

   G

   S

   K

   T

   Y

   T

   F

   I

   A

   H

   Q

   Y

   G

   T

   S

   W

   Y

   H

   S

   H

   F

   S

   A

   Q

   Y

   G

   N

   G

   I

   V

   G

   A

   I

   Q

   I

   :

   5

   1

   P

   C

   O

   A

   _

   E

   C

   O

   L

   I

   :

   M

   D

   G

   V

   P

   G

   L

   S

   F

   M

   G

   I

   E

   P

   D

   D

   T

   Y

   V

   Y

   T

   F

   K

   V

   K

   Q

   N

   G

   -

   T

   Y

   W

   Y

   H

   S

   H

   S

   G

   L

   Q

   E

   Q

   E

   G

   V

   Y

   G

   A

   I

   I

   I

   :

   5

   0

   C

   O

   P

   A

   2

   _

   P

   S

   E

   S

   :

   M

   D

   G

   V

   P

   G

   L

   S

   F

   D

   G

   I

   A

   P

   D

   G

   M

   Y

   V

   Y

   R

   F

   K

   V

   R

   Q

   H

   G

   -

   T

   Y

   W

   Y

   H

   S

   H

   S

   G

   F

   Q

   E

   Q

   S

   G

   V

   Y

   G

   P

   L

   V

   I

   :

   5

   0

   36/51=0.706
   Таким образом выравнивания совпадают на 70.6%, при этом в выравнивании сделанном ClustalW отсутствует часть консервативных позиций, что указывает на явные недостатки автоматических вырвниваний (по крайней мере сделанных этой программой). Такое совпадение получается только если выбрать из эталонного выравнивания достаточно близкие последовательности, в ином случае совпадение вообще может быть нулевое.
6. Получение матрицы попарной идентичности.
   Для получения матриц брались соответствующие участки (выбранные в предыдущих заданиях) из эталонного выравнивания и сделанного ClustalW
   Матрица идентичности для эталонного выравнивания

   	FET3_CANGA	FIO1_SCHPO	LAC1_CRYPA	PCOA_ECOLI	COPA2_PSESM
   FET3_CANGA	100%
   FIO1_SCHPO	56%	100%
   LAC1_CRYPA	44%	43%	100%
   PCOA_ECOLI	49%	44%	45%	100%
   COPA2_PSESM	47%	40%	41%	76%	100%

   
   Матрица идентичности для выравнивания сделанного ClustalW

   	FET3_CANGA	FIO1_SCHPO	LAC1_CRYPA	PCOA_ECOLI	COPA2_PSESM
   FET3_CANGA	100%
   FIO1_SCHPO	56%	100%
   LAC1_CRYPA	39%	33%	100%
   PCOA_ECOLI	49%	44%	35%	100%
   COPA2_PSESM	45%	40%	33%	76%	100%

   
   Как видно в эталонном выравнивании либо такое же либо большее попарное совпадение, что также отражает несовершенство автоматического выравнивания.