На главную страницу вторго семестра

Доменная структура белка CUEO_ECOLI


В пространственной структуре изображены только домены их PfamA
Идентификатор Pfam Название записи Полное название домена Положение в последовательности CUEO_Ecoli
PB049274 Pfam-B_49274 из PfamB. нет никаких описаний и названий 1-50
PF07732 Cu-oxidase_3 Multicopper oxidase-like domain 51-167
PB002167 Pfam-B_2167 из PfamB. нет никаких описаний и названий 208-285
PB027135 Pfam-B_27135 из PfamB. нет никаких описаний и названий 286-322
PF07731 Cu-oxidase_2 Multicopper oxidase-like domain 378-516

* несовсем понял что считать "Полное название домена".
** еще пристутствовали 3 домена "Low Complexity". Два из них пересекались с другими. Описывать не стал.
*** Multicopper oxidase-like domain - правильно перевести - домен свойственный медьсодержащим оксидазам? если соотнести с предыдущим заданием эти домены соответствуют двум различным мотивам, впрочем почемуто в предыдущем задании был найден только один мотив.

Подробное описание домена PF07732

  1. Медь - один из самых распространенных переходных металлов в живых организмах, ее функции связанны с ее окислительно-восстановительными свойствами. Так как медь токсична, то поддерживается низкая её концентрация, контролируемая тонкими молекулярными механизмами. У эукариотов, после транспорта в клетку через высоко специфичные транспортеры (из CTR family), Cu(II) восстанавливается до Cu(I). В голубых белках :-) (blue copper proteins), таких как Cupredoxin, Cu(I) стабилизируется гистидиновой и цистеиновой координационной оболочкой.

    Медьсодержащии оксидазы содержат 3 спектральноразличимых медных центра. Эти центры: тип 1 (голубой), тип 2 (нормальный), тип 3 (биядерный центр). Структурно эти белки содержат похожии на купредоксин изгиб, беттасендвич из 7-ми тяжей в 2-х листах, организованных в greek-key beta-barrel

  2. Белков с данным доменом 1223 шт.
  3. Распределены они следующим образом:
    Таксон Количество белков с доменом PF07732.
    Эукариоты Растения 169 (таксон Viridiplantae, еще 2 в Euglenozoa)
    Грибы 594
    Животные 73
    Бактерии 377
    Археи 8
  4. Схемы всех белков содержащих данный домен
    1. Всего в 299 белках этот домен единственный. Чаще всего он встречается с 2 другми медьсвязывающими доменами (624 белка содеражат все 3 домена).
    2. Полной дупликации домена нет, но бывают случаи присутствия в белке 2-х или 3-х различных участков домена.
    3. Как правило домен PF07732 N-концевой, и ему предшествуют либо сигнальные последовательности, либо домены из PfamB. Существует два белка с поменяным местами исследуемым доменом (Сu_oxidase_3) и Сu_oxidase_2. Фрагменты домена PF07732 могут быть расставленны в последовательности достаточно произвольно.
©Павел, Мазин