На главную страницу вторго семестра

Филогенетические деревья, реконструированные разными способами

1. Домен из Pfam, AN = PF07732, Cu-oxidase_3.

   *

   2

   0

   *

   4

   0

   *

   F

   E

   T

   3

   _

   C

   A

   N

   G

   A

   :

   M

   D

   G

   V

   P

   Y

   L

   T

   Q

   C

   P

   I

   G

   P

   -

   G

   D

   T

   M

   L

   Y

   N

   F

   T

   V

   D

   E

   -

   N

   V

   G

   T

   Y

   W

   Y

   H

   S

   H

   T

   D

   G

   -

   -

   -

   Q

   Y

   E

   -

   D

   G

   M

   R

   G

   L

   F

   V

   I

   :

   5

   1

   F

   I

   O

   1

   _

   S

   C

   H

   P

   O

   :

   M

   D

   G

   V

   P

   Q

   S

   T

   Q

   C

   E

   I

   P

   P

   -

   G

   A

   T

   F

   Y

   Y

   N

   Y

   T

   A

   L

   Q

   -

   -

   N

   G

   T

   Y

   W

   V

   H

   S

   H

   D

   M

   S

   -

   -

   -

   Q

   Y

   P

   -

   D

   G

   L

   R

   T

   P

   F

   I

   I

   :

   5

   0

   L

   A

   C

   1

   _

   C

   R

   Y

   P

   A

   :

   Q

   D

   G

   V

   N

   G

   I

   T

   E

   C

   P

   I

   P

   P

   N

   G

   G

   S

   K

   T

   Y

   T

   F

   I

   A

   H

   Q

   -

   -

   Y

   G

   T

   S

   W

   Y

   H

   S

   H

   F

   S

   A

   -

   -

   -

   Q

   Y

   G

   -

   N

   G

   I

   V

   G

   A

   I

   Q

   I

   :

   5

   1

   P

   C

   O

   A

   _

   E

   C

   O

   L

   I

   :

   M

   D

   G

   V

   P

   G

   L

   S

   F

   M

   G

   I

   E

   P

   -

   D

   D

   T

   Y

   V

   Y

   T

   F

   K

   V

   K

   Q

   -

   -

   N

   G

   T

   Y

   W

   Y

   H

   S

   H

   S

   G

   L

   -

   -

   -

   Q

   E

   Q

   -

   E

   G

   V

   Y

   G

   A

   I

   I

   I

   :

   5

   0

   C

   O

   P

   A

   2

   _

   P

   S

   E

   S

   :

   M

   D

   G

   V

   P

   G

   L

   S

   F

   D

   G

   I

   A

   P

   -

   D

   G

   M

   Y

   V

   Y

   R

   F

   K

   V

   R

   Q

   -

   -

   H

   G

   T

   Y

   W

   Y

   H

   S

   H

   S

   G

   F

   -

   -

   -

   Q

   E

   Q

   -

   S

   G

   V

   Y

   G

   P

   L

   V

   I

   :

   5

   0

2. UPGMA.xls
3. Номера после названий белка - номера аминокислотных остатков в данном белке.
   
   Деревья по сути эквивалентны, укорененное интуитивно кажется боле адекватным, хотя очевидно что оно верно в меньшей степени, посколько ничего не известно про исходный организм. Разбирать эволюцию по неукорененному дереву невозможно (оно отображает только взаимное положение, но не эволюцию). По укорененному дереву сценарий эволюции таков: от общего предка получилось 2 белка: предшественник LAC1_CRYPA_73-193, эволюционировавший далее отдельно, и белок давший далее два предшественника, каждый их которых, в свою очередь, дал еще два предшественника - FET3_CANGA_25-144, FIO1_SCHPO_30-151; PCOA_ECOLI_50-164, COPA2_PSESM_50-164.
4. 
   
   Основное отличие заключается в том что полученное дерево не ультраметрическое. Неукорененные деревья фактически совпадают, в уорененных сценарий эволюции немного меняется, в данном варианте у LAC1_CRYPA_73-193 общий предшественник с PCOA_ECOLI_50-164 и COPA2_PSESM_50-164, разошедшийся с предшественником FET3_CANGA_25-144 и FIO1_SCHPO_30-151 на ранних стадиях эволюции.