На главную страницу третьего семестра

Пространcтвенная структура ДНК

1. Полученные pdb структуры: gatc-a.pdb, gatc-b.pdb.
2. 
   

   	Тип спирали (правая или левая)	Шаг спирали (Å)	Число оснований на виток спирали
   А-форма	правая	28 A	примерно 11
   B-форма	правая	34 А	примерно 10

3. Табица сравнения торсионных углов для A и B форм (взяты округленные средние, впрочем изменение углов от остатка к остатку несущественны):

   Угол	A	B
   alpha	-51.7	-29.9
   beta	174.8	136.3
   gamma	41.7	31.1
   delta	79.1	143.4
   epsilon	-147.8	-140.8
   zeta	-75.1	-160.5
   chi	-157.2	-98.0

4. Таблица сравнения длин водородных связей:

   Пара	Связь	А	В
   G-C	O6 - N4	2.83	2.85
   	N1 - N3	2.85	2.85
   	N2 - O2	2.81	2.85
   A-T	N6 - O4	2.90	2.95
   	N1 - N3	2.88	2.88

   
   Как видно торсионные углы отличаются существено, сделать из этих отличий конкретные выводы сложно, водородные связи короче в А-форме, что соответствует меньшему шагу спирали и тому что эта форма образуется в обезвоженных условиях когда роль внутренникх водородных связей возрастает из-за уменьшения числа наружних.
5. Структуры в стопочных моделях:

   	А	В
   Вид сверху
   Вид сбоку