Реконструкция филогенетического дерева

Реконструкция филогенетического дерева по последовательностям полученным в 11 задании. Использовались только листья, выравнивание не проводилось т.к. последовательности и так выровнены.
Исходное дерево:

Матрица эволюционных расстояний по Джуксу – Кантору:

AAC73234_A  0.0000  0.7530  0.7583  1.5251  1.5300  1.5501
AAC73234_B  0.7530  0.0000  0.5334  1.5251  1.4636  1.4774
AAC73234_C  0.7583  0.5334  0.0000  1.4501  1.4413  1.4068
AAC73234_D  1.5251  1.5251  1.4501  0.0000  0.8875  0.8812
AAC73234_E  1.5300  1.4636  1.4413  0.8875  0.0000  0.4385
AAC73234_F  1.5501  1.4774  1.4068  0.8812  0.4385  0.0000

Сравнение полученых деревьев:

Ветвь	Модель
ABCDEF	Исходное дерево	UPGMA	NJ	ML	Parsimony
111100	+	+	+	+	+
111000	+	+	+	+	+
011000	+	+	+	+	+
Изображение деревьев
Деревья в виде кладограмы (выдача программ)		+----------------------AAC73234_A +---------------------3 ! ! +---------------AAC73234_B ! +------2 --5 +---------------AAC73234_C ! ! +--------------------------AAC73234_D +-----------------4 ! +-------------AAC73234_E +------------1 +-------------AAC73234_F	+--------AAC73234_B +--3 ! +-------AAC73234_C ! ! +-------------AAC73234_D --4--------------------2 ! ! +------AAC73234_E ! +------1 ! +------AAC73234_F ! +------------AAC73234_A	+-------AAC73234_F +-------4 +------------------------------3 +-------AAC73234_E ! ! ! +----------------AAC73234_D ! ! +---------AAC73234_B --2---1 ! +--------AAC73234_C ! +-------------AAC73234_A	+--AAC73234_F +--5 +-----4 +--AAC73234_E ! ! +--3 +-----AAC73234_D ! ! ! ! +--AAC73234_C --1 +--------2 ! +--AAC73234_B ! +--------------AAC73234_A

Т.е. все деревья эквивалентны по топологии и отличаются только укоренением, но т.к. вообще говоря эти деревья неукорененные то можно сказать что они вообще одинаковы (по расположению ветвей). Относительно укорененности выдача программ противоречива: зачем-то нарисован корень и при этом написанно: "remember: this is an unrooted tree!". Нет такой надписи только у UPGMA
Программа eneighbor использует матрицу попарных расстояний, а ednaml и ednapars используют выравнивания.
ML и NJ строят неультраметрические деревья, а UPGMA и Parsimony - ультраметрические.
Исходное дерево было ультраметрическое, поэтому подходят UPGMA и Parsimony, укоренение более правильное в UPGMA.