Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре |
|||
# |
Имена атомов |
Длина связи (Å) |
Угол N-H-O (°) |
Альфа-спирали |
|||
1 |
N(729ALA)- O(692GLY) |
2.97 |
164.4 |
2 |
N(772LYS)- O(725GLY) |
2.97 |
163.4 |
3 |
N(434LYS)- O(382ALA) |
2.78 |
162.4 |
Бета-тяжи |
|||
1 |
N(1786LEY)- O(2215ASN) |
2.93 |
145.7 |
2 |
N(4404LEU)- O(4830ASN) |
2.92 |
145.5 |
3 |
N(1157CYS)- O(1353HIS) |
3.02 |
144.7 |
Средняя длина водородной связи в альфа-спиралях составила 2,91 Å, а угол связи 163,4°. Эти данные примерно совпадают с результатами из литературных источников: длина водородной связи остова альфа-спирали составляет около 2.99 Å (Baker and Hubbard, 1984), а угол связи примено 155°(Stickle et al., 1992). В бета-листах средняя длина связи оказалась равна 2,96 Å, а угол 145,3°, что также соответствует данным из литературных источников: длина водородной связи в бета-листах составляет 2.38 - 3.29 Å, тогда как угол примерно равен 143° (Fabiola et al., 1997).
E.N. Baker, R.E. Hubbard, Hydrogen bonding in globular proteins, Prog. Biophys. Mol. Biol., 44 (1984), pp. 97-179
D.F. Stickle, L.G. Presta, K.A. Dill, G.D. Rose, Hydrogen bonding in globular proteins, J. Mol. Biol., 226 (1992), pp. 1143-1159
G.F. Fabiola, S. Krishnaswamy, V. Nagarajan, V. Pattabhi, C-H...O hydrogen bonds in beta-sheets, Acta Crystallogr D Biol Crystallogr., 53 (1997), pp316-320