Выравнивание геномов

1. Выбор геномов для построения НПГ

Вид	Штамм	AC
Bacillus subtilis subsp. subtilis	IIG-Bs27-47-24	CP016787.1
Bacillus subtilis subsp. subtilis	PS38	CP016789.1
Bacillus subtilis subsp. subtilis	PG9	CP016788.1

2. Построение нуклеотидного пангенома с помощью NPG-explorer

Последовательность действий:

создание директории npg_dir

создание в npg_dir файла genomes.tsv

исполнение ряда программ:

npge -g npge.conf
npge Prepare
npge Examine

изменение параметров WORKERS на 1 и MIN_IDENTITY на 0,85

исполнение следующих программ:

npge MakePangenome
npge PostProcessing
qnpge

Основные файлы:

npge MakePangenome log

npge PostProcessing log

3. Опиcание стабильного ядра нуклеотидного пангенома

число блоков (s-blocks): 70

размер нуклеотидного ядра как процент нуклеотидов в ядре от числа нуклеотидов во всех геномах: 90.77%

процент консервативных колонок в объединённом выравнивании s-блоков: 99,99%

4. Крупные делеции

Крупные делеции были проанализированы с помощью программы Google Таблицы. Информация о блоках была взята из файла pangenome.bi. Были выбраны блоки h2, содержащие делеции только в одном из геномов. В геноме IIG-Bs27-47-24 делеций обнаружено не было.

Геном	Имя блока	Длина делеции	Имена делятированных генов
PG9	h2x43961	43961	- 941 CDS BEN36_04705 hypothetical protein (IIG), 564 bp - 942 CDS BEN36_04710 asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing) (IIG), 1845 bp - 943 CDS BEN36_04715 damage-inducible protein DinB (IIG), 477 bp - 944 CDS BEN36_04720 phytoene synthase (IIG), 804 bp
PS38	h2x28001	28001	- 2209 CDS BEN36_11045 hypothetical protein (IIG), 279 bp - 2211 CDS BEN36_11055 type I pullulanase (IIG), 2157 bp - 2212 CDS BEN36_11060 lipid kinase (IIG), 930 bp - 8007 CDS BEP06_10740 lipid kinase (PG9), 930 bp
IIG	-	-	-

5. Перестановки синтений

В полученных геномах один глобальный блок. Возможно, это связано с тем, что выбранные мной бактерии относятся к одному подвиду.