Cборка de novo

1. Подготовка чтений программой trimmomatic

java -jar /usr/share/java/trimmomatic.jar SE -phred33 SRR4240361.fastq.gz no_adapters_SRR4240361.fastq.gz
 ILLUMINACLIP:adapters.fasta:2:7:7

С помощью данной программы были получены чтения без остатков адаптеров.

0.47% процентов последовательностей чтений оказалось остатками адаптеров.

java -jar /usr/share/java/trimmomatic.jar SE -phred33 no_adapters_SRR4240361.fastq.gz trimmed_SRR4240361.fastq.gz TRAILING:20
 MINLEN:32

На этом шаге с правых концов чтений были удалены нуклеотиды с качеством ниже 20 и оставлены только такие чтения, длина которых не менее 32 нуклеотидов. 5.58% чтений было удалено. Размеры файлов до очистки: 192M, после: 178М.

2. Получение k-меров

velveth velvetр_result 31 -short -fastq trimmed_SRR4240361.fastq.gz

3. Cборка на основе k-меров

velvetg velvetр_result

• N50: 25683

• номера трёх самых длинных контигов: 2, 6, 34

• длины трёх самых длинных контигов: 49238, 45555, 43866

• их покрытие: 26.660851, 26.450466, 23.514977

4. Анализ

Контиги были выровнены на хромосому бактерии Buchnera aphidicola с помощью NCBI megablast

1) Контиг 2

• Контиг выравнялся на хромосому в 23 участках с пробелами между некоторыми

• Координаты участка хромосомы, соответствующего контигу: 474667-462496

• Число однонуклеотидных различий: 2698

• Число гэпов: 274

2) Контиг 6

• Контиг выравнялся на хромосому в 29 участках с пробелами между некоторыми

• Координаты участка хромосомы, соответствующего контигу: 141477-176738

• Число однонуклеотидных различий: 7860

• Число гэпов: 988

3) Контиг 34

• Контиг выравнялся на хромосому в 75 участках с пробелами между некоторыми

• Координаты участка хромосомы, соответствующего контигу: 266073-285067

• Число однонуклеотидных различий: 4015

• Число гэпов: 616