Практикум 2. Cравнительный анализ канонической ДНК и стеблей тРНК
Задание 1
Я построила модели структур A-, B- и Z-формы ДНК с помощью инструментов пакета 3DNA. Скачать файлы с моделями можно по следующим ссылкам: A-ДНК, B-ДНК, Z-ДНК.
Задание 2
Далее я рассмотрела цитозин B-ДНК и выяснила, что в сторону большой бороздки обращены атомы c9.c6, c9.c5, c9.c4, c9.n4, а в сторону малой бороздки обращены атомы c9.o2, c9.n1, c9.c2. На рисунке ниже можно увидеть схему основания. Красным выделены атомы, смотрящие в сторону большой бороздки, синим - в сторону малой.
Я изучила некоторые характеристики трех различных форм ДНК. В таблице ниже представлены полученные мной значения.
| A-форма | B-форма | Z-форма | |
|---|---|---|---|
| Тип спирали (правая или левая) | правая | правая | левая |
| Шаг спирали (Å) | 28,03 | 33,75 | 43,5 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки (Å) | 16,81 (измерялась от C10) | 17,21 (измерялась от С9) | 18,2 (измерялась от G6) |
| Ширина малой бороздки (Å) | 8,11 (измерялась от С1) | 11,99 (измерялась от С2) | 7,1 (измерялась от С3) |
Задание 3. Определение параметров тРНК.
- Стебли образуют нуклеотиды со следующими номерами: 901-907, 949-955, 939-944, 910-915
- Неканонические пары оснований в структуре тРНК: U(905):G(968), A(944):G(926), C(913):C(922)
- Дополнительные водородные связи в тРНК, стабилизирующие ее третичную структуру: G(918):C(956)