Комплексы ДНК-белок, предсказание структуры тРНК
Задание 1. Предсказание вторичной структуры заданной тРНК
Я предсказывала вторичную структуру тРНК (PDB ID: 1F7V) с помощью программы einverted из пакета EMBOSS, а также ViennaRNA по алгоритму Зукера, затем сравнила полученные предсказания с описанием, найденным ранее программой find_pair. Результаты сравнения можно увидеть в таблице, приведенной ниже.
Таблица 1. Реальная и предсказанная вторичная структура тРНК из файла 1f7v.pdb
| Участок структуры | Позиции в структуре (по результатам find_pair) | Результаты предсказания с помощью einverted* | Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
| Акцепторный стебель | 5’-901-907-3’, 5’-966-972-3’. Всего 7 пар | - | Предсказаны 7 пар из 7 |
| D-стебель | 5’-910-913-3’, 5’-922-925-3’. Всего 4 пары | - | Предсказаны 4 пары из 4 |
| T-стебель | 5’-949-952-3’, 5’-962-965-3’. Всего 4 пары | - | Предсказаны 3 пары из 4 |
| Антикодоновый стебель | 5’-27-31-3’, 5’-39-43-3’. Всего 5 пар | - | Предсказаны 4 пары из 5 |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | Всего 20 пар | Всего 8 пар | Всего 18 пар |
*Для предсказания структуры с помощью einverted я использовала параметры по умолчанию, так как при других значениях параметров программа выдавала тот же результат.
Задание 2 Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре
- Упр.1 JMol скрипт с группами атомов
Скрипт-файл с последовательными изображениями, а также определением множеств атомов.
- Упр.2 Описание ДНК-белковых контактов в заданной структуре
Таблица 2. Контакты разного типа в комплексе 1rio.pdb
| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | всего |
| остатками 2'-дезоксирибозы | 0 | 4 | 4 |
| остатками фосфорной кислоты | 2 | 7 | 9 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 1 | 13 | 14 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 0 | 0 | 0 |
Как видно из таблицы, большинство контактов ДНК с белком неполярные. Также со стороны большой бороздки контактов больше, чем с малой.
- Упр.3 Схема ДНК-белковых контактов с помощью программы nucplot
Схему контактов, полученную с помощью программы nucplot, можно скачать по ссылке.
По моему мнению, наиболее важным для распознавания последовательности ДНК аминокислотным остатком является Thr397, так как он образует наибольшее число контактов с разными основаниями (один контакт с цитозином и один с аденином). Были и другие аминокислотные остатки: Lys5 и Asn56, образующие по два контакта с ДНК, но оба с гуанинами.
На рисунке, представленном ниже, можно увидеть остаток Thr397 (оранжевый) рядом с аденозином (голубой) и цитидином (розовый).
