На примере Lutra lutra (речной выдры)

Выдры — хищные млекопитающие из семейства куньих, ведущие полуводный образ жизни. Питаются они в основном рыбой, речными моллюсками, личинками беспозвоночных. Обитает выдра преимущественно в лесных реках, рядом с ними устраивает норы, выход из которых ведет в воду. Выдры довольно общительные животные, обладающие широким диапазоном издаваемых звуков.

Речная выдра - самый распространённый представитель подсемейства выдровых. Встречается практически по всей Европе, Азии, и Северной Африке. В России встречается повсеместно.

• Число сборок генома: 2

Для лучшей сборки:

• Название (assembly name): mLutLut1.2

• AC сборки из GenBank: GCA_902655055.2

• Уровень сборки: Chromosome

• Общая длина последовательности: 2,438,458,878 п. о.

• Число контигов: 229; число скэффолдов: 44

• N50: 149,004,807 и L50: 7 для скэффолдов

• N50: 30,403,456 и L50: 23 для контигов

• Ссылка на последовательность первого контига

На примере вирусов Siphoviridae

Запрос в NCBI Nucleotide: (Siphoviridae[Organism]) AND 50000:60000[Sequence Length]

Количество находок в GenBank: 1810, в RefSeq: 758

Полный геном Escherichia phage

• AC нуклеотидной записи: MZ234033

• латинское название и TaxID вида: Escherichia phage vB_EcoS-G3B1, 2865810

• тип генома: DNA, ds, линейный

• хозяина вируса: Escherichia coli

• ссылка на файл .fasta с участками генома, предположительно кодирующими белки (CDS)

Чтобы получить файл, сверху на странице записи нужно выбрать "send to file", далее "Coding Sequences" и формат FASTA Nucleotide

Описание Feature keys

1. misc_feature

misc_feature    complement(22336..22337)
                     /note="major DNA single-chain interruption; identified by
                     match to the consensus sequence 5'-NPu pGCGCN-3'
                     surrounding an interruption"

AC: AY543070.1

Ранее не встречавшаяся или редкая особенность, которую нельзя описать другим существующим ключом таблицы локальных особенностей.

2. misc_RNA

misc_RNA        complement(30284..30389)
                     /gene="rnaIII"
                     /product="RNAIII"
                     /experiment="experimental evidence, no additional details
                     recorded"
                     /note="stable RNA with unknown functions"

AC: AY543070.1

То же самое, но связанное с транскриптом или РНК продуктом.

3. variation

variation       complement(2665)
                     /gene="A1"
                     /locus_tag="T5.004"
                     /experiment="experimental evidence, no additional details
                     recorded"
                     /note="compared to bacteriophage T5A1amH27; results in
                     amber-codon"
                     /replace="t"

AC: AY543070.1

У родственного штамма в данном фрагменте есть стабильная мутация, отличающая его от штамма, которому принадлежит последовательность (таким образом, этим ключом могут обозначаться, например, полиморфизмы).

4. mat_peptide

mat_peptide     7637..10351
                     /gene="POLY"
                     /locus_tag="YFVgp1"
                     /product="RNA-dependent RNA polymerase"
                     /note="methyltransferase component of capping enzyme;
                     non-structural protein NS5"
                     /protein_id="NP_776009.1"

AC: NC_002031

Зрелый белок или белок кодирующая последовательность. В отличие от CD не включает стоп-кодон.

5. repeat_region

repeat_region   5724..5747
                     /note="direct repeat 1"

AC: NC_001338

Указывает на повторяющиеся элементы последовательности.