Поиск гомологов белков в неаннотированном геноме

1. актин

Запрос в UniProt: taxonomy:"Microsporidia [6029]" actin AND reviewed:yes

Ссылка на последовательность.

Для получения последовательности белка я выполнила следующую команду:

seqret 'sw:Q8SWN8' actin.fasta

Параметры запуска BLAST:

tblastn -query "actin.fasta" -db "X5.fasta" -out "actin.out"

Ссылка на выдачу.

В геноме Amoeboaphelidium присутствует гомолог актина, так как нашлось 10 выравниваний с совпадающими по всей длине участками, E-value, близким к нулю, большим весом и процентом идентичности (наибольший 79%).

2. фактор элонгации 1-альфа

Запрос в UniProt: taxonomy:"Microsporidia [6029]" elongation factor AND reviewed:yes

Ссылка на последовательность.

Для получения последовательности белка я выполнила следующую команду:

seqret 'sw:Q8SS29' efactor.fasta 

Параметры запуска BLAST:

tblastn -query "efactor.fasta" -db "X5.fasta" -out "efactor.out"

Ссылка на выдачу.

Как видно, в выдаче есть четыре находки с совпадающими участками по всей длине последовательности белка, низким E-value, большим весом и процентом идентичности, позволяющим говорить о гомологии (>20%). Таким образом, скорее всего в геноме Amoeboaphelidium присутствует гомолог фактора элонгации 1-альфа.

3. тубулин

Запрос в UniProt: taxonomy:"Microsporidia [6029]" tubulin AND reviewed:yes

Ссылка на последовательность.

Для получения последовательности белка я выполнила следующую команду:

seqret 'sw:Q8SS99' tubulin.fasta -filter

Параметры запуска BLAST:

tblastn -query "tubulin.fasta" -db "X5.fasta" -out "tubulin.out"

Ссылка на выдачу.

Среди выравниваний есть шесть находок с совпадающими по всей длине участками, высоким процентом идентичности (наибольший 83%), большим весом и низким E-value, что говорит о наличии в геноме Amoeboaphelidium гомолога тубулина.