Паралоги, визуализация
Cписок гомологичных белков, включающих паралоги
Для нахождения гомологичный белков была использована программа Standalone BLAST. Ниже приведен результат работы программы.
| Protein | Score (Bits) | E-Value |
|---|---|---|
| CLPX_STRAW | 535 | 0.0 |
| CLPX_NOCSJ | 528 | 0.0 |
| CLPX_MYCTU | 519 | 0.0 |
| CLPX_COREF | 518 | 0.0 |
| CLPX_CORDI | 518 | 0.0 |
| CLPX_ARTS2 | 516 | 0.0 |
| CLPX_LEIXX | 509 | 1e-180 |
| CLPX_BIFLO | 432 | 1e-149 |
| A0K1M3_ARTS2 | 54.3 | 6e-08 |
| Q8G871_BIFLO | 51.2 | 7e-07 |
| Q8FMH5_COREF | 47.0 | 1e-05 |
| Q6NFB1_CORDI | 45.8 | 4e-05 |
| RUVB_BIFLO | 42.7 | 2e-04 |
| Q6ACQ0_LEIXX | 43.1 | 2e-04 |
| Q8G3S2_BIFLO | 43.1 | 2e-04 |
| RUVB_ARTS2 | 42.4 | 3e-04 |
| Q82QV8_STRAW | 41.6 | 4e-04 |
| A1SDV1_NOCSJ | 42.0 | 5e-04 |
| A0JR82_ARTS2 | 41.6 | 6e-04 |
| A0K236_ARTS2 | 41.6 | 6e-04 |
| Q82EE9_STRAW | 41.6 | 6e-04 |
| Q82EB8_STRAW | 41.6 | 8e-04 |
| FTSH_MYCTU | 41.2 | 8e-04 |
Реконструкция и визуализация
Дерево было построено методом UPGMA в программе MEGA. Оно доступно в Newick-формате.
Примеры пар ортологов: CLPX NOCSJ - CLPX MYCTU, RUVB BIFLO - RUVB ARTS2, CLPX COREF - CLPX CORDI.
Примеры пар паралогов: CLPX BIFLO - RUVB BIFLO, A0JR82 ARTS2 - A0K1M3 ARTS2, FTSH MYCTU - CLPX MYCTU.
На изображении дерева ниже разные ортологичные группы были покрашены в различные цвета.
Далее все ортологичные группы, содержащие более трёх последовательностей, были "схлопнуты".
Группа, покрашенная зеленым, включает АТФ-связывающую субъединицу АТФ-зависимой протеазы ClpX всех бактерий. В группу, покрашенную розовым входит АТФ -зависимая цинк металлопротеаза FtsH все бактерий, кроме Corynebacterium diphtheriae и Corynebacterium efficiens. Последняя группа включает автоматически аннотированные белки.
Если посмотреть на группу, содержащую всех бактерий, можно увидеть, что реконструированная филогения белков не полностью соответствует филогении бактерий. Так, нет ветвей (STRAW,NOCSJ), ((ARTS2,LEIXX),BIFLO), а также ((COREF,CORDI),MYCTU).