Недопредставленность сайтов рестрикции в геноме бактерии
Для анализа была выбрана бактерия Thalassobius gelatinovorus NEB572, геном которой содержит гены эндонуклеазы рестриции системы Р-М типа II. Последовательность генома бактерии была скачана из базы данных NCBI Genome (ссылка на файл).
https://kodomo.fbb.msu.ru/~mdavitadze/term4/documents/result.csv
Из таблицы с сайтами рестрикции были отобраны сайты длиной больше двух нуклеотидов. Представленность данных сайтов в геноме была оценена с помощью программы CBcalc следующей командой:
cbcalc sequence-2.fasta -s sites.txt -o sites.tsv -KСсылка на файл с отобранными сайтами.
Ссылка на результат работы программы.
Далее из таблицы с результатом работы CBcalc были отобраны наиболее недопредставленные сайты, то есть сайты со значением контраста меньше 0,8. С ними можно ознакомиться по ссылке. Также был получен список проверенных экспериментально эндонуклеаз рестрикции, узнающих недопредставленные сайты.
Из проведенного анализа следует, что в геноме бактерии Thalassobius gelatinovorus NEB572 25 недопредставленных сайта, 21 из которых узнается 78 различными проверенными экспериментально эндонуклеазами.
PSI-BLAST
Для анализа был выбран белок с идентификатором (AC) P17265. Это Ribosome hibernation promotion factor из организма Rhizobium meliloti.
| Число находок выше порога (0,005) | Идентификатор худшей находки выше порога | E-value этой находки | Идентификатор лучшей находки ниже порога | E-value этой находки |
|---|---|---|---|---|
| 7 | Q5XAQ7.1 | 6e-40 | P28368.2 | 0.012 |
| 26 | P71346.3 | 2e-04 | - | - |
| 28 | P9WMA8.1 | 0.001 | - | - |
Результат быстро сошелся: после третьей итерации список находок выше порога перестал меняться. P17265, Q5XAQ7.1, P28368.2 и P71346.3 подавляют работу рибосом, вместе с P9WMA8.1 они являются ингибиторами трансляции. Таким образом, находки по всей видимости гомологичны и обладают высоким сродством.