Лиганды в структуре 2FCA
В работе исследованы лиганды белка. Лигандами являются ионы калия, всего их 3. Общий вид расположение ионов в белке представлен на рисунке 1. Рисунок 1 (и последующие изображения) выполнены с помощью программы JMol, скрипт для получения таких же картинок будет представлен в конце работы.
Рис 1. Общий вид структуры белка с лигандами – ионами калия (атомы розового цвета).
Относительные размеры белка и лиганда представлены в таблице 1.
| Объект | Размер, А | Размер, нм | Размер, м |
| Белок (длина) | 0,8933 | 8,933 | 8,933-9 |
| K (калий) (радиус атома) | 235*10-4 | 235*10-3 | 235*10-12 |
Таблица 1. Относительные размеры белка (длина) и его лигандов (радиус атомов калия).
Анализ области контакта белка из структуры PDB 2FCA и иона калия
Для анализа выбран ион калия, находящийся между двумя цепями белка. На рисунке 2 и 3 показаны взаимодействия между атомом калия и аминокислотными остатками и атомами кислорода молекул воды, входящих в структуру 2FCA. Взаимодействия обнаружены с помощью программы Ligand Explorer, полученное в указанной программе изображение (рис. 2) повторено с помощью JMol (рис. 3).
Рис 2. Область контакта белка и иона калия. Пунктирными линиями обозначены так называемые металлические взаимодействия. Они образованы ионами калия и двумя остатками серина (Ser-167), расстояние от атома до кислорода серина цепи А равно 3,10 Ангстрем, а до кислорода серина цепи В равно 3,01 Ангстрем. Изображение получено с помощью программы Ligand Explorer.
Рис 3. Область контакта белка и иона калия. Атом калия (фиолетового цвета) соединен с атомами кислорода остатков аминокислот и молекул вод, с которыми он взаимодействует. Подписаны аминокислотные остатки: серин (Ser-171), ле йцин (Leu-171), молекулы воды.
Изображение, полученные с помощью программы JMol, можно воспроизвести с помощью скрипта.
Схематичное изображение контактов лиганда с его окружением показаны на рисунке 4. Представлены химические формулы и взаимодействия, которые складываются между лигандом и белков.
Рис 4. Схема контактов лиганда с белком. Подписаны аминокислотные остатки и молекулы воды. Лиганд – атом калия – в центре. Зелоеным цветом обозначены атомы воды и аминокислот принадлежащих цепи A. Ораньжевым цветом атомы цепи B.
©Medvedev Dima 2012; дата последнего обновления 06.02.2013