Парнове выравнивание белков
Для создания мутантных последовательностей белка TRMB_BACSU, потребовалась использование скрипта evolve_protein. Скачать его можите здесь.
С результатами, выданными скриптом, вы можите ознакомиться:
Мутант №1 с вероятность изменены остатка = 0,6 и вероятностью замены остатка в случае, если данная позиция будет изменена = 0,6 Мутант №2 с вероятность изменены остатка = 0,6 и вероятностью замены остатка в случае, если данная позиция будет изменена = 0,8 Мутант №3 с вероятность изменены остатка = 0,4 и вероятностью замены остатка в случае, если данная позиция будет изменена = 0,8Полученные мутанты были выровнены с исходным белком. Рис. 1-3 показывают выравнивание, в определенных позициях.
Рис. 1. Мутант №1 белка TRMB_BACSU.
Рис. 2. Мутант №2 белка TRMB_BACSU.
Рис. 3. Мутант №3 белка TRMB_BACSU.
Выравнивание белка TRMB_BACSU с гомологами в формете FASTA: 1. 2FCA и 1YZH; 2. 2FCA и 3DXX; 1YZH и 3DXX.
Информациия полученная infoalign для каждого выравнивания соответсвенно: 1; 2;3.