Поиск мотивов, программы MEME и MAST
Поиск мотивов среди гомологов белка TRMB_BACSU.
Мотив - локальный выравненый участок белковой последовательности, содержащий большую долю консрвативных участков. Для поисков блоков совпадений по всей длинне выравнивания применяется программа MEME (Multiple Em for Motif Elicitation) выполняющая,своего рода, множественное локальное выравнивание. В Таблице 1 превидены 3 мотива белка TRMB_BACSU, сделаных примомоще MEME. Более подробные резельты выравнивания здесь.
Таблица 1. Информация о мотивах, полученная с помощью программы MEME.
Сравние блоков, найденных MEME, c полным выравниванием, выданным muscle.
С помощью команды seqret motif1.aln motif1.fasta были получены 3 файла с выравниваниями гомологов приограммой MEME, в формате FASTA. Для дальнейшего сравниения, были сделаны 3 проекта с выравниваниями в формате JAR(выравнивание по MEME слева,справа MUSCLE). На Рис.1. предствалено сравнение выарвнивай мотива №3 и полного множественного выравнивания MASCLE.
Рис 1. Сравнение MUSCLE(справа) и MEME(слева) для мотива №3.
Выравнивание MEME, не полностью совпадает с выравнивание MUSCLE. Это обусловленно тем, что MUCSLE выравнивает всю последовательность с проставлением гепов, что нельзя не земетить. К тому же, есть и визуальные отличния переставноки строк с выравненями последовательностями. Сказать, что MEME выравнивает лучше MUSCLE, можно, если расматривать выравнивание на определеном блоке. Но есть большая вероятность, что выравнивание глобальное не будет хорошим, при продолжении такого же рода выравнивания.
Поиск найденных мотивов в других последовательностях
С помощью программы MAST можно проанализировать выравнивание. Для этого было использавоно выравнивание доменов PF02390 белка TRMB_BACSU найдеденые Pfam. Последовательное использование команд:degapseq seed.msf seed.fasta; emast -dfile seed.fasta memeout.txt mastout.html, дало на выдачи файл mastout.html , котрый содержит информацию о мотивах в последоватльностях.
Каждый из мотиво нашелся в 19 последоватльностях(из 19). И в каждой последовательнсти нашлись все три мотива. Это подтверждает, что выравнивание, взятое из Pfam, соответствует мотивам