Семейства белков: паттерны и банк PROSITE
Содержит ли Swissprot послание инопланетян?
Для того чтобы провести предсказания встречаемости белковой последовательности DEVIL в базе данных Swissprot необходимо занять встречаемости каждой буквы(A:0,0825; E:0,0675; V:0,0687; I:0,0596; L:0,0966) и общее содержание аминокислот в базе данных (191670831).
Из этого мы можем заключить, что DAVIL встретиться нам 191670831*0,0825*0,0675*0,0687*0,0596*0,0966=278 раз (на самом деле, число полученное при умножении = 278,8922359; но мы округляем по целым числам).
Поиск по Prosite показал, что таких последовательности встречаются 352. Возможно это связано с тем, что эта последовательность сильно распространено.
Поиск вероятных гомологов белка TRMB_BACSU в банке SwissProt с помощью паттернов.
Паттерны можно условно разделить на «сильные» и «слабые» (или "сильные" НО "конкретные" в малом количестве и "слабые" НО "неточные" в большом). Деление основано на том, какое количество последовательностей будет найдено и какова их гомологичность.
«Сильный» паттерн содержит много условий поиска. Он будет находить последовательности с большей долей точности в их гомологии.
«Слабый» паттерн содержит мало условий поиска. Соответственно, он будет находить много последовательностей, но с меньшей уверенностью в гомологи.
Таблица 1. Поиск гомологов белка TRMB_BACSU в банке SwissProt с помощью паттернов.
Мотивы - это некоторые высоко консервативные участки последовательности белка, отвечающие за какую-либо функцию или вторичную структуру. По банку Prosite можно организовать поиск и обнаружить мотивы в определенном белке(например TRMB_BACSU). Результаты поиска мотивов представлены в Таблице 2. Нельзя не отметить тот факт, что для белка TRMB_BACSU специфических мотивов обнаружить не удалось.
Таблица 2.Поиск мотивов PROSITE в последовательности белка TRMB_BACSU.
