PSI-BLAST
Составление семейства гомологов посредством PSI-BLAST
PSI-BLAST - это алгоритм, который ищет оптимальные выравнивания для группы гомологов путем итераций. Поиск PSI-BLAST был выполнен для белка с ID Q47404, принадлежащиму E.coli. Для составления семейства гомологов этого белка было выполнено три итерации PSI-BLAST. Полная стабилизация произошла уже после четвертой итерации. Результат представлен в Таблице 1.
Таблица 1. Результаты интераций. (красным выделены интерграции, при которых произошла стабилизация)
Выравнивание полученного семейства гомологов
После пятой итерации было построено множественное выравнивание полученного семейства гомологов белка Glycosyl transferase с ID Q47404. Для дальнейшего сравниения, был получен FASTA файл с выравниваниями при Conservation settings: 4 Bits. Полученый вариант был расмотрен с помощью Jalviev, при параметре By Conservation = 10. Проект с выравниваниями в формате JAR представлен на Рис.1.
Рис. 1. Множественное выравнивание смейства гомологов белка neuS с ID Q47404
Как видно из Рис.1 количество консервативных участков, давольно большое, что говорит о родсве структур.