Эволюционные домены. Банки Pfam(Protein family) и InterPro
Опиcание доменной архитектуры белка TRMB_BACSU в соответствии с банком Pfam.
База данных Pfam содержит информацию о семействе белков(о группах белков являющихся гомологичными). С её помощью можно опсисать и рассмотреть эволюционные домены(участки консервативных групп в белке) гомологичных белков TRMB_BACSU.
Таблица 1. Доменная структура TRMB_BACSU.
Данные о домене Methyltransf_4
Домен входит в 26 архитектуры, более подбробно о них можно узнать здесь. В базе данных Pfam находятся последовательности 4759 белков и определены пространственная структуры шести различных белков.
Для фрагментов белков, относящихся к домену Methyltransf_4, было получен файл с множественным выравниванием в формате msf. На Рис. 1 представлено изображение выравнивания 19 белков, входящих в состав предыдущего файла.
Рис 1. Множественное выравнивание фрагментов белков, соответствующих домену Methyltransf_4; Color: Clustalx, By Conservation = 33.
Описание частоты встречаемости доменов в организмах по отдельности
Белок TRMB_BACSU имеет одну доменную архитектуру, поэтому рассамтривать, для этих целей, не интересно. Возьмем белок UVRB_BACSU. Результаты представленны в Таблицах 2 и 3.
Таблица 2. Представленность домена ResIII (PF04851) в организмах разных таксонов
Таблица 2. Представленность домена Helicase_C (PF00271) в организмах разных таксонов
Сравнение описание мотивов в разных банках семейств, по данным InterPro.
Ссылка таблицу с информацией о гомологах.
Ссылка на файл полноразмерных последовательностей найденных белков в fasta формате.