Геномные браузеры
UCSC
Рассмотрим в этой рабрате ген: MED13_HUMAN. С помощью сервиса UCSC были получены различные данные о гене MED13_HUMAN. Информация о гене представлена в Таблице 1.
=
Таблица 1. Устройство гена MED13_HUMAN.
Таблица 2. Графическое изображение окрестности гена MED13_HUMAN(отмечена: гены USCS и RefSeq (USCS Genes и RefSeq Genes) метилирование ДНК (ENC_DNA_Methylation) консервативность последовательности среди млекопитающих (Conservation) полиморфизмы (Common SNPs))
Ensembl
При помощи геномного браузера Ensembl, было получено выравнивание региона гена MED13_HUMAN человека с гомологичным геном шимпанзе.
Результат выравнивания - выраванивание.
При помощи программы distmat пакета EMBOSS было определено количество различий между человеком и шимпанзе. Программа на выходе дала следующую матрицу различий между последовательностями из котрой видно, что почти каждый сотый нуклеотид отличается: 1 2
0.00 0.99 homo_sapiens_1-123121 1
0.00 pan_troglodytes_1-123121 2
На сайте Ensemble было определено количество разнообразных полиморфизмов гена MED13_HUMAN:4555. Длина гена MED13_HUMAN: 19587 нуклеотида, получается что число отличий между человеком и шимпанзе: 19587*0,99/100 = 193,91 нуклеотида. это все равно на порядок меньше чем количество полиморфизмов данного гена у людей. Чем можно объяснить такое явление? Вероятней всего, большое число полиморфизмов обусловленно большим количество сиквенсов данного гена у человка.