Нуклеотидные банки данных

Знакомство со структурой банка RefSeq посредством поисковой системы SRS

С помощью SRS был полученн список хромосом дрожжей Saccharomyces cerevisiae. Результат представленны ниже в Таблице 1.

Таблица 1. Список хромосом хромосом дрожжей Saccharomyces cerevisiae.

Хромосома №14. Краткое описание, примеры генов.

Хромосома №14, REFSEQ_DNA:NC_001146, была полученна 6 сентебря 2013 года(06-SEP-2013). Длина хромосомы: 784333 нуклеотидов. Количество генов: 416. Количество тРНК: 14.

В этой хромосоме присудствуют такое гены как:

гена, который находится на прямой цепи и не имеет интронов:

gene="STB1" CDS:(52662..53924)

гена, который находится на обратной цепи и не имеет интронов:

gene="SKP2" CDS:(49397..51688)

гена, который находится на прямой цепи и имеет хотя бы один интрон:

gene="RFA2" CDS:(48287..48293,48402..49216)

гена, который находится на обратной цепи и имеет хотя бы один интрон:

gene="RPL18B" CDS:(join(63570..64018,64451..64562))

Получение последовательности, кодирующей заданный белок

С помощью команды entret sw:xxxxx, где xxxxx– AC интересующего нас белка в Swiss-Pro, был получен файл оисанием белка. Строчка "DR EMBL" написан ген кодирующий белок.

DR   EMBL; AF008220; AAC00285.1; -; Genomic_DNA.

DR   EMBL; AL009126; CAB14968.1; -; Genomic_DNA.

Как можно заметить их 5. Используем команду entret embl:xxxxxx для того чтобы получить файл с полной записью EMBL. В ходе работы были полученны участки гена AF008220 для белка O34522:

118926..119567

Командой seqret с опцией -sask получен участок кодирующий белок:

 
		>AF008220 AF008220.1 Bacillus subtilis rrnB-dnaB genomic region.
		atgagaatgcgccacaagccttgggctgatgactttttggctgaaaacgcagatattgcc
		atcagcaatcctgctgattataaagggaaatggaacacagtgtttggcaacgacaatccg
		atccatatcgaggttggtacaggaaaaggccaatttatttctggtatggccaaacaaaat
		cccgacatcaattatattggtattgagttatttaaaagcgtcatcgtgacagccgtccaa
		aaagtaaaagacagcgaagcgcagaatgtaaagcttctgaatatagatgcggacacgctg
		acggatgtgtttgagccgggggaagtgaaacgggtctacttgaacttttctgatccttgg
		ccgaagaaacggcatgaaaaacgccgcctgacatattcccacttcctcaaaaaatatgaa
		gaagtaatgggcaaaggcggatcgattcattttaaaacggacaaccgaggtttatttgag
		tactctttgaagagcttctctgagtacggcctcctgctgacatacgtcagtctcgatttg
		cataacagcaatctggaaggcaatattatgacagaatatgaagaaaaattctctgcactc
		ggccagccgatctatcgggctgaggttgaatggagaacgtaa

Файл с последовательностью гена O35422_gene.fasta находиться в директории ~/term3/block3/credits/practice11$.

Третий семестр

Нуклеотидные банки данных