Классификация ферметов (EC)
Сбор информации о своем ферменте
Мне был дан белок с идентификатором в банке UniProt P36957 (ODO2_HUMAN, EC=2.3.1.61). Этот белок имеет рекомендованное название: Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase component of 2-oxoglutarate dehydrogenase complex, mitochondrial и альтернативное название: 2-oxoglutarate dehydrogenase complex component E2(2- оксоглутарат дегидрогеназный комплекс компонента E2). Ген который его кодирует: DLTS.
Расшифрока EC-номера: 2.-- белок относится к классу трансфераз(Transferases); 2.3 -- из трансфераз от относится к ацилтрансферазам, общее количество котрых 620(Acyltransferases (620)); 2.3.1 -- пернос других амино-ацильных груп(Transferring groups other than amino-acyl groups (563)); 2.3.1.61 -- сукцинилтрансфераза дигидролиполизиных остатков (dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase).
Этот белок катализирует следующую реакцию: Succinyl-CoA + enzyme N(6)-(dihydrolipoyl)lysine <=> CoA + enzyme N(6)-(S-succinyldihydrolipoyl)lysine
Изображение 1Реакция катализируемая белком ODO2_HUMAN
Сколько ферментов человека с близкими функциями описано в Swiss-Prot?
Для определения количества ферментов с близкими к ферменту P36957 функциями был осуществлен поиск при помощи сервиса SRS.
Таблица 1Количество схожих по функции с P36957 ферментов описанных в Swiss-Prot, на определнных уровнях в EC-системе человека.
Насколько сохраняется функция фермента у белков со сходными последовательностями?
Создадим базу данных полностью состоящую из белков мыши (Mus musculus) и у которых класс (т.е., первое число) классификации EC совпадает с таковым нашего фермента.
Полученый файл сохранен в формате fasta и был сдулан базой данных командо: makeblastdb -in Mus_m.fasta -dbtype prot -out dbi .
Следующий этап для получения информации о ферменте заключается в том чтобы найти с помощью бласта гомологи белка P36957: blastp -query odo2_human.fasta -db dbi -outfmt 6 -out res.txt
Таблица 2 Количество схожих по функции с P36957 ферментов описанных в Swiss-Prot, на определнных уровнях в EC-системе организма Mus musculus.
В ходе работы с бластом была получена следующая таблица(см. ниже).
Таблица 3 Результаты поиска схожих с ферментом P36957 последовательностей в Mus musculus, принадлежащих к одному классу EC. Розовым выделены наиболее доставерные гомологи.
Нашлось всего 13 белков, из них есть два абсолютно идентичных, но имеющих разное значение e-value. Так же интересно есть белки имеющие одинаковые EC, например 2.7.11.1,