Киотская энциклопедия генов и геномов (KEGG)

Определение метаболических путей фермента.

Мне был дан белок с идентификатором в банке UniProt P36957 (ODO2_HUMAN, EC=2.3.1.61). Найдем идентификатор гена в KEGG. Он имеет вид "hsa:****",где **** - числа; в данном случае "hsa" означает организм Homo sapiens. В документе Swiss-Prot указано, hsa:1743. Используя главну страницу KECG было найдено 4 метаболических путей, в котрых задействован данный белок:

hsa00020 Citrate cycle (TCA cycle) - Homo sapiens (human) - цитрат цикл

hsa00310 Lysine degradation - Homo sapiens (human) - деградация лизина

hsa01100 Metabolic pathways - Homo sapiens (human) - метаболический путь

hsa01200 Carbon metabolism - Homo sapiens (human) - метаболический путь углерода

Для первого пути, цитрат цикла, была найдена поплая метаболическая карта(см. Изображение 1).

Изображение 1 Карта метоболического пути hsa00020 цитрат цикл (Citrate cycle).

Поиск в KEGG структурных формул заданных соединений

Результат поиска по заданым соединениям в KECG2 представлен ниже.

Таблица 1Результат поиска L-аспартата.

Таблица 1Результат поиска L-лизина.

Поиск метаболического пути, соединяющего L-аспартат и L-лизин

Для проведения поиска нужно использовать, полученные раннее идентификаторы соединений. В моем сучае это С00049 и С00047(L-аспартат и L-лизин соответственно). Науденый путь изображен ниже. Это путь синтеза лизина.

Изображение 2 Путь синтеза лизина. Красной точкой отмечен L-аспартат, зеленой точкой L-лизин, желтым выделены интермедиаты.

Четветрый семестр

Киотская энциклопедия генов и геномов (KEGG)

Поиск метаболического пути, соединяющего L-аспартат и L-лизин