Восстановление кристалла из PDB файла
Структура 1GD1.
Параметры кристалической структуры белка глицеральдегид-3фосфатдегидрагеназы(ГАФД)
CRYST1 82.440 124.100 82.540 90.00 108.98 90.00 P 1 21 1 8
Для визуализации контактов между соседними ячейками, я использовал следующие команды:
symexp sym, 1gd1, all, 15
select cont1, byres (1gd1 within 3.5 of sym*)
select cont2, byres (sem* within 3.5 of 1gd1)
dist hbonds, cont1, cont2, 3.5, 2
show sticks, byres (cont1 and (cont2 around 3.5))
show sticks, byres (cont2 and (cont1 around 3.5))
Рис 1.1 Часть кристала. Красным выделена структура одна из ячеек гомотетромера ГАФД, синим востановленные структуры. Оранжевым выделены контакты между соседними ячейками(о них будет рассказанно позже)
Центральный гомотетрамер имеет аминокислоты, которые находятся близко для образования связей с атомами аникислотных остатков структур сосединих ячеек. Эти области контакта были найдены и отмечанны(см. Рис 2.1)
Рис 2.1 Область контакта с соседними ячейками. На центральной стурктуре гомотетрамера были выделены участки взаимодействия(оранжевым)
Аминокислот структуры 1gd1, образующих контакты с востановлеными ячейками, 40. Очень удивительным фактом явлется отсудствиие гидрофобных взаимодействий между структурами ячейки. На расстоянии 4 ангстрем не было обнаружено взаимодействия между аминокислотами leu+ile+val+phe+trp+met. Если гидрофобная аминокислота и находится близко к востановленной структуре, то ее остов осуществляет взаимедействие с заряженой аминокислотой(His, Lys).
Рис 2.2 Область контакта с соседними ячейками. Синим выделена востановленная структура кристала, красным выделена центральная структура кристала, оранжевым аминокислоты входящие в состав контакта.
Особенности структуры 1MNM
Начнем рассмотрение струкутры комплекса ДНК-белок. Структура комплекса, содержит белок MATalpha2, гомеодоменовый репрессор, и MADS-box, транскрипционный фактор, MCM1 связанный с ДНК. Разрешение структуры составляет 2,25 Å . Изгиб ДНК, индуцированное MCM1 сближает два белка друг к другу, облегчая их взаимодействие. Необычной особенностью комплекса является то, что восемь аминокислот последовательностьи принимает альфа-спирали в одном из двух копий мономера MATalpha2 и бета-цепи конформации в другую.
Рис 3.1 Стурктура комплекса 1MNM
Рис 3.1 Стурктура комплекса 1MNM с востановленными ячейками
Основная особеность структуры - это конец альфа-спирали, уходящий вдаль(Рис 3.1). Это обусловленно тем, что участки аминикислот одной ячейки взаимодействую с другими аминокислотами другой ячейки. Взаимодействие осуществляет за счет образование водородных связей.
Рис 3.2 Контакты комплекса комплекса 1MNM
Альфа-спираль, уходящая в даль, наблюдается и в одно из соседних ячаках тоже, поскольку она взаимодействует с центральной молекулой
Рис 3.3 Контакты комплекса комплекса 1MNM
Такое положение обусловленно взаимодействием между аминокислотыми структур
Рис 3.4 Контакты комплекса комплекса 1MNM
Можно таже замтить, что в структуре контакт цепи ДНК осуществляется, как с белками своей ячейки, так и с ДНК и белкими соседеней. Такое образование, возможно возникло из-за образования пи-сопряженной системы.
Рис 3.5 Контакт ДНК центральной ячейки с аминокислотами и нуклеотидами соседней ячейки