На дереве, оказывается, есть ветви, выделяющие какие-нибудь из таксонов:
1) Отходящая от корня ветвь разделяется на 2 ветви, разделяющие классы Clostridia (верхняя) и Bacilli
2) Нижняя ветвь разделяется на 2 ветви, соответствующим порядкам Bacillales (нижняя) и Lactobacillales
3) Ветвь, соответствующая порядку Lactobacillales, разделяется на 2 семейства Lactobacillaceae и Streptococcaceae
4) Ветвь, соответствующая порядку Bacillales, разделяется на 2 семейства Listeriaceae и Staphylococcaceae
После реконструкции дерева программой fprotpars, программа выдала лишь одно дерево, его скобочная формула такая:
(STRP1,(STRPN,(THETN,(PEDPA,(LISMO,(STAA1,STAES))))));
Полученное дерево немного отличается от правильного:
Матрица расстояний, полученная с помощью программы fprotdist:
Пример отклонения от ультраметричности:
Возьмем за А THETN, за В STRP1, за С STRPN
d(A,B)=0.805900, d(B,C)=0.095800
Т.к. d(A,B) > d (B,C), то по аксиоме ультраметричности то d (A,C) = d (A,B), что в нашем случае не выполняется:
d(A,C)=0.811600, что не равно d(A,B)=0.805900
Пример отклонения от аддитивности:
Возьмем за D PEDPA и посчитаем 3 суммы:
1) d(A,B) + d(C,D)=1.584837
2) d(A,C) + d(B,D)=1.54177
3) d(A,D) + d(B,C)=0.818585
По правилу аддитивности, две из этих сумм должны быть равны между собой и превышать третью, но здесь равных сумм не наблюдается.
С помощью программы fneighbor, используя два алгоритма: UPGMA и Neighbor-Joining, были получены две реконструкции дерева:
1)
Алгоритм Neighbor-Joining
2)
Алгоритм UPGMA
Оба дерева похожи на дерево, полученное программой fprotpars и отличается от правильного
