Алгоритмы реконтрукции филогении
1. Укоренение в среднюю точку
Изображение дерева, укоренённого с помощью программы retree:
На вход программа принимает скобучную формулу, полученную при построении дерева методом neighbor-joining, записанную в файл intree.
Использовал скобочную формулу полученную именно этим методом, т.к. метод "максимальной экономии" не реконструирует длины ветвей; так же нет смысла использовать уже укоренненые деревья (напр. UPGMA).
Полученное укоренение отличается от правильного - в правильном укоренение происходит в ветвь, объединяющую лист THETN против всех остальных, а здесь укоренение произошло в ветвь {STRP1, STRPN} против {THETN, PEDPA, LISMO, STAA1, STAES}
2. Использование внешней группы
Дерево, полученное с помощью программы retree, которая на вход получила скобочную формулу дерева, полученного программой fprotpars из вырвнивания последовательностей белков моих 7ми бактерий + ECOLI, уже не так сильно отличается от правильного (здесь только положение LISMO отличается).
3. Бутстрэп
Получившееся дерево также не является правильным, но оно совпадает с предыдущим.
Анализ ветвей, не получивших большинства:
1) {PEDPA, STRPN, STRP1} vs остальные получила поддержку 43.50 - она, кстати говоря, и является правильной
2) {LISMO, PEDPA} vs остальные получила поддержку 15.50
3) {STRP1, STRPN, PEDPA, STAA1, STAES} vs остальные получила поддержку 13.00
4) {STRPN, STRP1, LISMO, PEDPA} vs остальные получила поддержку 2.50
5) {STAES, STAA1, PEDPA} vs остальные получила поддержку 2.50
6) {STAES, STAA1, LISMO, STRPN, STRP1} vs остальные получила поддержку 0.50
Ссылка на дерево
Следующие ветви совпадают с правильным деревом:
1) {LISMO, STAES, STAA1} против {THETN, PEDPA, STRPN, STRP1}
2) {STRPN, STRP1} против {LISMO, STAES, STAA1, THETN, PEDPA}
3) {STAA1, STAES} vs остальные
© Almukhametov Azat