первый семестр второй семестр главная страница

Реконструкция филогении по нуклеотидным последовательнсотям. Анализ деревьев, содержащих паралоги.

1. Построение дерева по нуклеотидным последовательностям

Мнемоника	AC записи EMBL	Координаты FT, в которой описано 16S рРНК
LISMO	AL591981	complement(99187..100732)
PEDPA	CP000422	116896..118475
STAA1	BX571856	514251..515805
STAES	AE015929	complement(2380573..2382126)
STRP1	AE014074	17169..18503
THETN	AE008691	53858..55384

Файл для STRPN получен через программу bl2seq (BLAST двух последовательностей – в данном случае генома и 16S РНК BACAN).
Для STAES и LISMO последовательность была добыта с помощью команды seqret embl:AE015929[2380573:2382126] -sreverse stdout >>rna.fasta.
Для всех остальных, была использована команда seqret embl:CP000422[116896:118475] stdout >>rna.fasta.
Потом все полученные последовательности были положены в один файл и выровненны программой muscle:
muscle -in rna.fasta -out rna_aligned.fasta
Результат выравнивания.
Далее было построено одно дерево с помощью программы fdnadist+ffitch, а другое - с помощью fdnadist+fneighbor.
Как можно заметить, оба дерева совпадают как между собой, так и с правильным деревом, в связи с чем можно сделать вывод, что качество реконструкции дерева по нуклеотидным последовательностям выше, чем по белкам, поскольку по белкам ниразу не получилось правильного дерева.

2. Построение и анализ дерева, содержащего паралоги

Ортологи: HSLU_STAA1 и HSLU_STAES, CLPX_STRP1 и CLPX_STRPN, CLPX_STAA1 и CLPX_STAES
Паралоги: HSLU_LISMO и CLPX_LISMO, HSLU_THETN и CLPX_THETN, HSLU_STAES и CLPC_STAES