первый семестр второй семестр главная страница

EC (классификация ферментов). KEGG (Метаболические пути)

1. Объяснение кода моего фермента

Код фермента EC 2.4.2.22

Расшифровка по пунктам:
EC 2 - Трансфераза (Transferase)
EC 2.4 - Гликозилтрансфераза (Glycosyltransferases)
EC 2.4.2 - Пентозилтрансфераза (Pentosyltransferases)
EC 2.4.2.22 - ксантин фосфорибозилтрансфераза (xanthine phosphoribosyltransferase)

Уравнение реакции - XMP + diphosphate = 5-phospho-α-D-ribose 1-diphosphate + xanthine

Графическое изображение:

2. Определение в каких метаболических путях участвует изучаемый фермент.

bsu00230 Purine metabolism - пуриновый метаболизм
bsu01100 Metabolic pathways - метаболические пути
bsu01110 Biosynthesis of secondary metabolites - биосинтез вторичных метаболитов
Пуриновый метаболизм:

3. Определение структурной формулы L-аспартата и L-лизина

L-Aspartate - C00049 -

L-Lysine - C00047 -

4. Метаболический путь от L-аспартата к L-лизину

Выбранная цепочка ферментативных реакций: путь: биосинтез лизина цепочка: L-аспартат -> L-4-аспартил фосфат -> L-аспартат-4-семиальдегид -> L-2,3-дигидродипиколинат -> L-2,3,4,5-тетрагидродипиколинат -> L-2-амино-6-оксопимелат -> мезо-2,6-Диаминопимелат -> L-лизин

Как видно, направление есть, и оно ведет от L-аспартата к L-лизину, поскольку стрелка мезо-2,6-Диаминопимелат -> L-лизин направлена лишь в одну сторону.

5. Сравнение метаболических путей у разных организмов

Возможность выбранной цепочки ферментативных в разных организмах с известными полными геномами.

Организм	Возможна ли цепочка реакций (да/нет/неизвестно)	Обоснование
Escherichia coli K-12 MG1655	да	присутствуют все ферменты, необходимые для осуществления цепочки реакций
Archaeoglobus fulgidus	да	присутствуют все ферменты, необходимые для осуществления цепочки реакций
Arabidopsis thaliana	да	присутствуют все ферменты, необходимые для осуществления цепочки реакций
Homo sapiens	да	присутствуют все ферменты, необходимые для осуществления цепочки реакций

Карта метаболического пути Escherichia coli K-12 MG1655

Сравнение ферментов из далеких организмов

Запрос: (([uniprot-ID:*_ARCFU] | [uniprot-ID:*_HUMAN]) & [uniprot-ECNumber:2.5.1.46]) и отключаем маску, чтобы поиск шел именно по 2.5.1.46, а не по 2.5.1.46*
Было найдено всего 3 белка: 2 из археи и 1 из человека. Они имеют одинаковую доменную структуру - состоят из одного домена Deoxyhypusine synthase.
Для дальнейшей работы я выбрал белки DHYS_HUMAN и DHYS1_ARCFU
Лучший ортолог для DHYS_HUMAN у архей
- имя гена:DHYS_METVS
- идентичность:0.451
- длина выравнивания:335
- организм: Methanococcus vannielii
Лучший ортолог для DHYS1_ARCFU у эукариот
- имя гена:Q4PIJ2_USTMA
- идентичность: 0.336
- длина выравнивания: 381
- организм: Ustilago maydis
Оба белка нашлись среди ортологов другого, но не попали даже в топ-50