Шестой семестр

Докинг низомолеекулярных лигандов в структуру белка

seq3.pdb
nag.smi
nag.pdb
nag.pdbqt
vina.cfg
nag_prot.pdbqt
nag_prot.log

mode |   affinity | dist from best mode
     | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
   1         -4.7      0.000      0.000
   2         -4.6     13.732     15.119
   3         -4.6      2.662      4.364

mode |   affinity | dist from best mode
     | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
   1         -5.7      0.000      0.000
   2         -5.2      1.644      2.058
   3         -4.9      1.371      2.003

Исходя из изменений аффинности сложно сделать однозачный вывод.

Желательнее все же применить модель с подвижными а.о. и лигандом, т.к. белок не является статической молекулой и такой подход будет ближе к реальности.

Изменения аффинности при замене метильного радикала у NAG.

Папка с данными, использованными для построения таблицы.