Шестой семестр

Работа с PyMol

Белок 1LMP

	Структура белка в космлексе с лигандом. В связывании участвуют четыре остатка - два аспарагина (ASN59, ASN103) и две аспарагиновые кислоты (ASP52, ASP101). Водородные связи лиганда и белка показаны желтым.

Для проверки значимости ASN103 для связывания, я заменил этот остаток на маленький, гидрофобый глицин и провел sculpting. Расстояние от лиганда до белка увеличилось, то есть мутация привела к потере связывания с лигандом.

Совмещение стркутур 1LMP и 1LMP_mut

Белок 1LMP c флуоресцентной меткой TAMRA

Флуоресцетая метка TAMRA присоединена к SER81 с помощью сложноэфирной связи. Метка находится достаточно далеко от места связывания лиганда, поэтому, скорее всего, она не будет мешать работе фермента.

Построение полиизолейциновой спирали

Скрипт:

frag ile
python
for x in range(2,100):
	cmd.edit("/ile///"+str(x)+"/c")
	editor.attach_amino_acid("pk1","ile")
for x in range(3,100):
	cmd.edit("/ile///"+str(x)+"/N","/ile///"+str(x)+"/CA")
	cmd.torsion (82)
	cmd.edit("/ile///"+str(x-1)+"/CA","/ile///"+str(x-1)+"/C")
	cmd.torsion (178)	
python end
zoom ile
show sticks, ile
bg_color grey80