Abinitio вычисления для нафталина и азулена

MOPAC оптимизация нафталина и азулена

	Для оптимизации нафталина не потребовалось применять дополнительные поля.
Чтобы структура азулена была плоской, его надо было оптимизировать с полем UFF. obgen azu.smi -ff UFF > azu.mol

Результат - файлы nap.out и azu.out.

Оптимизация с помощью GAMESS

Переформатируем координаты с помощью babel и добавим нужный заголовок.
babel -imopout azu.out -ogamin azu_opt.inp
Запустим GAMESS.

Результат - файлы nap_opt.log и azu_opt.log.

Расчет энергии


Переформатируем выходные файлы с помощью babel и добавим нужные заголовки. Запустим GAMESS. Для каждого соединения получим два выходных файла - дляя расчета с помощью теории функционала плотности (nap_opt_dft.log и azu_opt_dft.log) и для расчета методом Хартри-Фока (nap_opt_hf.log и azu_opt_hf.log).

Выпишем расчетное значение энергии (1 Hartree = 627,509469 kCal/mol):


Вещество	E Naptalene	E Azulene	?E , Hartree	?E, kCal/mol
Хартри-Фок	-383,3546610434	-383,2824690219	0,0721920215	45,3011770775015835
DFT	-385,6400107604	-385,5857491456	0,0542616148	34,0496770902305412


Истинная энергия изомеризации нафталина в азулен составляет 35.3±2.2 ккал/моль. Вывод - теория функционала плотносит дает лучшую оценку для энергии молекулы.