Поиск белка по его
последовательности.
а). С помощью программы BLASTP
по ссылке был проведен поиск аминокислотной последовательности GLPK_ECOLI.
Порядковый номер в выдаче - 1
Score - 987 bits;
E-value – 0.0
б). Был повторен поиск той же входной
последовательностью в банке pdb.
PDB-коды: 1GLL, 1GLJ, 1BWF
идентификаторы цепи - O
Score - 984 bits;
E-value – 0.0
начало и конец выравнивания во входной последовательности
(Query) - 1-501;
в находке (Subject) - 2-502;
процент совпадений (Identity) – 501/501 (100%).
Данные по pdb практически не отличаются.
Поиск белка по его гомологу.
Был проведен поиск swissprot программой BLASTP,
последовательность была взята из файла q9klj9.fasta
(GLPK_VIBCH).
Порядковый номер белка GLPK_ECOLI - 1 Порядковый номер белка GLPK_VIBCH - 10
Score - 790;
E-value – 0.0;
начало и конец выравнивания во входной последовательности
(Query) - 1-496;
в находке (Subject) - 2-497;
процент совпадений (Identity) – 394/496 (79%).
Поиск белка по фрагментам его
последовательности.
Blast нашел именно те два кусочка моего белка, которые я вырезал и склеил в
один. Вот, что он выдал:
1)Score - 28.5 bits ;
E-value - 4.8 ;
начало и конец выравнивания во входной последовательности (Query) -
14-24;
в находке (Subject) - 100-110;
процент совпадений (Identity) - 11/11 (100%).
2)Score - 27.7 bits ;
E-value - 4.8 ;
начало и конец выравнивания во входной последовательности (Query) -
1-13;
в находке (Subject) - 7-19;
процент совпадений (Identity) - 13/13 (100%).
Разные пользовательские интерфейсы
BLAST
Я повторил первое задание
"Поиск белка по его последовательности" на сервере EBI: http://www.ebi.ac.uk/blastall/
.
С дизайном этого сервера мне уже приходилось работать при выполнении
предыдущих заданий. Поэтому не приходилось привыкать к новому интерфейсу,
что, несомненно, ускорило психологическое понимание сервера. Поэтому,
возможно, мне показалось, что работа происходила быстрее. Однако, основными
причинами вышенаписанного можно считать скорее не более оптимизированную
систему устройства и оформления самого сервера, но то, что действие по поиску
я уже сегодня делал, не зависимо от того, что действие разворачивалось уже на
другом сервере, также знакомый и милый душе сервер EBI показался проще в работе. Однако
это лишь индивидуально-личностные замечания. В целом работа быстрее.
Было приятно заметить, что в довольно большой таблице, которая выводится в
качестве результата информация структурирована посредством визуального
разбиения и цветового выделения фрагментов информации, облегчающее
психологичесски-индивидуальное восприятие информации – еще один пункт к тому,
что работать проще, а, значит, и быстрее.
Score показывается не в битах.
Е-value различается, однако не очень сильно.
Работа проводилась на сервере Пастеровского института: http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/blast2-simple.html
Дизайн очень простой, однако, пользоваться менее удобно, чем на
других серверах. Пожалуй, это самый неудобный и медленный сервер из всех
рассматриваемых.
Результаты прислали на e-mail на следующий день. В итоге хотелось бы сказать,
что пользоваться этим сервером целесообразно пользоваться лишь в тех случаях,
когда, по каким-либо причинам,
остальные сервера, выполняющие сходные функции недоступны.
Является ли BLAST инструментом для
поиска ортологов?
Провел поиск по банку UniProtKB/Swiss-Prot: в поле Organism Name ввел
Bacillus subtilis, в поле Gene Name -RbsR, в результате был найден один белок
с Accession: P36944. Затем искал по последовательности аминокислот в BLASTP.
В списке первых 20 находок найдено 6 последовательностей белков с функцией
Ribose operon repressor, их 6 всего, то есть больше белков с такой функцией
нет. Порядковые номера белков:1,2,3,7,9,15,16.
Первый найденный белок - исходный. Второй и третий белок - ортологами. Для
второго белка (его последовательности): Score=254, E-value=3e-67 Для третего
белка (его последовательности): Score=241, E-value=2e-63 У остальных
последовательностей Score намного меньше. Е-value после третьей
последовательности увеличивается на 27 порядков, а это очень много. Можно
сделать вывод, что первые два ортолога являются как бы выдающимися.
Значит, пользуясь BLASTP можно искать ортологи но только очень близкие.
|