Bootstrap и drawtree.

Bootstrap и drawtree.

1.Бутстреп-анализ выравнивания мутированных последовательностей, соответствующих листьям моего дерева.

Программой fseqboot создал 100 бутстреп-реплик выравнивания:
fseqboot ali.fasta -auto

Подал полученные 100 выравниваний на вход программе fdnaml. В выходном файле (.treefile) оказалось 100 скобочных формул, соответствующих реконструкциям, сделанным по каждому из выравниваний.

Запустил программу fconsense. В выходной файл были помещены результаты бутстреп-анализа.
"Текстово-графическое" изображение консенсусного дерева из файла ali.fconsense:

+------A

+-70.0-|

| +------B

+100.0-|

| | +------F

+------| +100.0-|

| | +------E

| |

| +--------------------D

+---------------------------C

Консенсусное дерево:

A B C D E F

* * . . . . 70.00

* * . . * * 100.00

. . . . * * 100.00

A	B	C	D	E	F	реальное дерево	консенсусное дерево	бутстреп-значения
*	*	.	.	*	*	+	+	100
*	*	*	*	.	.	+	+	100
.	.	*	*	*	*	+	+	70

Из таблицы видно, что все ветви дерева найдены верно. Причем бутстреп-значения велики (для 2 ветвей даже равны 100). То есть полученное дерево статистически надежно.

2.Создание изображения своего дерева программой fdrawtree.

Поместил скобочную формулу в отдельный файл.
Подал файл на вход fdrawtree.
Результат fdrawtree имеет формат postscript. Переименовал выходной файл, придав ему расширение .ps, после чего открыл его ассоциированной программой GSview и экспорировал в jpg-формат:

На главную страницу четвертого семестра

На главную