Классификация функций. Коды ферментов

Классификация функций. Коды ферментов.

1. Определение значения кода фермента

С помощью сайта IUPAC был найден искомый фермент 2.7.7.6. Цифры означают следующее:

Первая цифра "2" говорит о принадлежности данного фермента к классу трансфераз (transferases).
Это такие ферменты, которые осуществляют перенос какой-либо химической группы (например, метильной или гликозильной) от одного вещества (обычно определяемому как донор) к другому веществу (обычно определяемому как акцептор). Классификация в данном классе основывается на схеме "донор/акцептор - переносимая группа - трансфераза". Названия ферментам также присваиваются по этой схеме. Во многих случаях донор является кофактором (коферментом).

Вторая цифра "7" обозначает класс ферментов, переносящих фосфоросодержащие группы (transferring phosphorus-containing groups).
Довольно большая группа ферментов (самая многочислення секция трансфераз), переносящих фосфаты, дифосфаты, нуклеотидильные остатки и др.

Третья цифра "7" определяет наш фермент в блок нуклеотидилтрансфераз (nucleotidyltransferases).

Четвертая цифра "6" дает уже конечное классификационное название веществу: ДНК-зависимая ДНК-полимераза (DNA-directed DNA polymerase).

2. Сравнение последовательностей организмов из эволюционно далеких организмов

C помощью SRS по заданному коду 2.7.7.6. в UniProt были найдены все ферменты из 3-х организмов - кишечной палочки

Escherichia coli K-12, археи Metdanococcus jannaschii и человека.

Запрос: ([uniprot-ECNumber:2.7.7.6*] & (([uniprot-EntryName:*_ECOLI*] | [uniprot-EntryName:*_HUMAN*]) |

[uniprot-EntryName:*_METJA*]))

Было выдано 58 находок. Мной был проведен сравнительный анализ в находках по идентификаторам Pfam. В результате

я выбрал шесть находок, для которых сделал попарное выравнивание с помощью программы NeedleP. Чтобы построить попарное выравнивание, я разбил находки с одинаковыми парными доменами на три пары: ****_HUMAN и ****_METJA; ****_ECOLI и ****_METJA; ****_HUMAN и ****_ECOLI;

Так как в каждой находке было представлено по несколько разных доменов, попытался сопоставить находки парами по их содержанию одинаковых доменов.ниже приведена таблица выбранных мной находок с содержащимися в них доменах.

RPB1_HUMAN	PF05001, PF00623, PF04983, PF04990, PF04992, PF04997, PF04998, PF05000
RPOA1_METJA	PF00623, PF04983, PF04997, PF04998, PF05000
RPOA_ECOLI	PF03118, PF01193, PF01000
RPOD_METJA	PF01193, PF01000
RPA5_HUMAN	PF01193, PF01000
RPOA_ECOLI	PF03118, PF01193, PF01000

	UniProt ID	UniProt AC	Имя гена	Идентификатор Pfam	Положение в последовательности	Идентичность	Сходство
1	RPB1_HUMAN	P24928	POLR2A	PF05000	717-823	44,9%	64,5%
2	RPOA1_METJA	Q58445	RPOD1	PF05000	1136-1242	44,9%	64,5%
3	RPOA_ECOLI	P0A7Z4	RPOA	PF01193	25-233	25,9%	43,9%
4	RPOD_METJA	Q57648	RPOD	PF01193	12-184	25,9%	43,9%
5	RPA5_HUMAN	O15160	POLR1C	PF01000	92-226	20,9%	35,1%
6	RPOA_ECOLI	P0A7Z4	RPOA	PF01000	59-178	20,9%	35,1%

Заметно, что идентичность и сходство доменов из разных организмов имеет достаточно большой процент. Можно предположить, что фермент 2.7.7.6 играет большую роль.

Приведенные результаты выравнивания:

#=======================================

# Aligned_sequences: 2

# 1: RPB1_HUMAN

# 2: RPOA1_METJA

# Matrix: EBLOSUM62

# Gap_penalty: 10.0

# Extend_penalty: 0.5

# Length: 107

# Identity: 48/107 (44.9%)

# Similarity: 69/107 (64.5%)

# Gaps: 0/107 ( 0.0%)

# Score: 231.0

#=======================================

RPB1_HUMAN 1 IEKAHNNELEPTPGNTLRQTFENQVNRILNDARDKTGSSAQKSLSEYNNF 50

|||....|||..||..|.::.|..::.:|.:||||.|:.|::.|...|:.

RPOA1_METJA 1 IEKYERGELELLPGLNLEESREAYISNVLREARDKAGAIAERYLGLDNHA 50

RPB1_HUMAN 51 KSMVVSGAKGSKINISQVIAVVGQQNVEGKRIPFGFKHRTLPHFIKDDYG 100

..|.|:||:|:.:|::|:.|.:|||:|.||||..|::.|.||||.|.|.|

RPOA1_METJA 51 VIMAVTGARGNILNLTQMAACLGQQSVRGKRIFRGYRGRVLPHFEKGDLG 100

RPB1_HUMAN 101 PESRGFV 107

..|.|||

RPOA1_METJA 101 ARSHGFV 107

#=======================================

# Aligned_sequences: 2

# 1: RPOA_ECOLI

# 2: RPOD_METJA

# Matrix: EBLOSUM62

# Gap_penalty: 10.0

# Extend_penalty: 0.5

# Length: 205

# Identity: 53/205 (25.9%)

# Similarity: 90/205 (43.9%)

# Gaps: 56/205 (27.3%)

# Score: 130.5

#=======================================

RPOA_ECOLI 14 TLGNALRRILLSSMPGCAVTEVEIDGVLHEYSTKEGVQEDILEILLNLKG 63

:..||:|||::|.:|..|:.:|.| |.....:.::||...|.|

RPOD_METJA 14 SFSNAIRRIMISEVPTFAIEDVYI------YENSSSMDDEILAHRLGL-- 55

RPOA_ECOLI 64 LAVRVQGK----DEVI-LTLNKSGIGPVTAADITHDGDVEIVKPQHVICH 108

:.::|| :||| .||.|.|...|.::|

RPOD_METJA 56 --IPIKGKPLLENEVITFTLEKEGPCTVYSSD------------------ 85

RPOA_ECOLI 109 LTDENASISMR----IKVQRGRGYVPASTRIHSEEDERP-IGRLLVDACY 153

|..||..::.: :|:.:|: ||..|.:..| ||: |.|.:

RPOD_METJA 86 LKSENGEVAFKNIPIVKLGKGQ-------RIQIECEAIPGIGK--VHAKW 126

RPOA_ECOLI 154 SPVERIAYNVEAARVEQRTDLDKLVIEMETNGTIDPEEAIRRAATILAEQ 203

.|...: .:|..| |::...:||.|.::.||.:..|..||..:

RPOD_METJA 127 QPCNAV--------YKQIAD-DEVEFFVETFGQMEAEEILEEAVKILKNK 167

RPOA_ECOLI 204 LEAFV 208

.|:|:

RPOD_METJA 168 AESFL 172

#=======================================

# Aligned_sequences: 2

# 1: RPA5_HUMAN

# 2: RPOA_ECOLI

# Matrix: EBLOSUM62

# Gap_penalty: 10.0

# Extend_penalty: 0.5

# Length: 134

# Identity:      28/134 (20.9%)

# Similarity:    47/134 (35.1%)

# Gaps:          28/134 (20.9%)

# Score: 38.5

#=======================================

RPA5_HUMAN        24 IHADPRLFEYRNQGDEEGTEIDTLQFRLQVRCTRNPHAAKDSSDPNELYV     73

                     :..|..|.||   ..:||.:.|.|:..|.::........||

RPOA_ECOLI         1 VEIDGVLHEY---STKEGVQEDILEILLNLKGLAVRVQGKD---------     38

RPA5_HUMAN        74 NHKVYTRHMTWIPLGNQADLFPEGTIRPVHDDILIAQLR-PGQEIDLLMH    122

                      ..:.|.:.:.|.....||:..:|.:..|....:|..|. ....|.:.:.

RPOA_ECOLI        39 -EVILTLNKSGIGPVTAADITHDGDVEIVKPQHVICHLTDENASISMRIK     87

RPA5_HUMAN       123 CVKGIGKDHAKFSPVATASY---------RLLPD    147

                     ..:|.|     :.|.:|..:         |||.|

RPOA_ECOLI        88 VQRGRG-----YVPASTRIHSEEDERPIGRLLVD    116

На главную страницу четвертого семестра

На главную